Changeset 21170 in main


Ignore:
Timestamp:
07/30/20 09:39:48 (6 days ago)
Author:
LoisHaggard_NM
Message:

nmibis-content covid query clean up, conditional includes and exclusions

Location:
adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/COVID19Cnty.xml

    r21165 r21170  
    4949                        </PARAMETERS>
    5050                        <CRITERIA>
     51                                <EXCLUDE/>
    5152                        </CRITERIA>
    5253                        <DATA_NOTES>
    … …  
    9293                        </PARAMETERS>
    9394                        <CRITERIA>
    94                                 <EXCLUDE>
    95                                 </EXCLUDE>
     95                                <EXCLUDE/>
    9696                        </CRITERIA>
    9797                        <DATA_NOTES>
    … …  
    154154                        </PARAMETERS>
    155155                        <CRITERIA>
    156                                 <EXCLUDE>
    157                                 </EXCLUDE>
     156                                <EXCLUDE/>
    158157                        </CRITERIA>
    159158                        <DATA_NOTES>
    … …  
    302301                        </PARAMETERS>
    303302                        <CRITERIA>
     303                                <EXCLUDE>
     304                                        <SELECTIONS>
     305                                                <SELECTION>
     306                                                        <NAME>CaseDisp4_exclude</NAME>
     307                                                        <VALUE>all</VALUE>
     308                                                </SELECTION>
     309                                        </SELECTIONS>
     310                                </EXCLUDE>
     311                        </CRITERIA>
     312                        <DATA_NOTES>
     313                                <ibis:include href="data_note/COVID_AA.xml"/>
     314                                <ibis:include href="data_note/Exclusions.xml"/>
     315                        </DATA_NOTES>
     316                        <DATA_SOURCE_NAMES>
     317                                <DATA_SOURCE_NAME>NMEDSS</DATA_SOURCE_NAME>
     318                        </DATA_SOURCE_NAMES>
     319                        <DATA_ISSUES>
     320                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     321                        </DATA_ISSUES>
     322                </CONFIGURATION>
     323
     324                <CONFIGURATION><NAME>CaseFatalityAA</NAME>
     325                        <TITLE>Case Fatality: Percentage of Cases Resulting in Death</TITLE>
     326                        <DESCRIPTION>The percentage of cases resulting in death.</DESCRIPTION>
     327                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
     328                        <DEFAULT_MAP_NAME>DEFAULT_YelOrRed</DEFAULT_MAP_NAME>
     329                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBarCOVID</DEFAULT_CHART_NAME>
     330                        <MEASURE_NAME>PctDesirableLow</MEASURE_NAME>
     331                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Case Fatality: Percentage of Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     332                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     333                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     334                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     335                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     336                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     337                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     338                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     339                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     340                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     341                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>COVID-19 Deaths</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     342                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     343                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     344                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     345                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>COVID-19 Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     346                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     347                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     348                        <PARAMETERS>
     349                                <PARAMETER>
     350                                        <NAME>func</NAME>
     351                                        <VALUE>NM_CaseFatalityAACOVID.def</VALUE>
     352                                </PARAMETER>
     353                                <PARAMETER>
     354                                        <NAME>spvar1</NAME>
     355                                        <VALUE>disp4cat=1</VALUE>
     356                                </PARAMETER>
     357                        </PARAMETERS>
     358                        <CRITERIA>
     359                                <EXCLUDE>
     360                                        <SELECTIONS>
     361                                                <SELECTION>
     362                                                        <NAME>CaseDisp4_exclude</NAME>
     363                                                        <VALUE>all</VALUE>
     364                                                </SELECTION>
     365                                        </SELECTIONS>
     366                                </EXCLUDE>
    304367                        </CRITERIA>
    305368                        <DATA_NOTES>
    … …  
    340403                        </PARAMETERS>
    341404                        <CRITERIA>
     405                                <EXCLUDE/>
    342406                        </CRITERIA>
    343407                        <DATA_NOTES>
    … …  
    361425                </OVERVIEWS>
    362426                <SECTIONS>
    363                         <ibis:include href="section/CaseCharCOVID.xml"/>
     427                        <ibis:include href="section/CaseCharCOVID.xml"
     428                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
    364429                        <ibis:include href="section/GeoCOVID.xml"/>
    365430                        <ibis:include href="section/PeriodCOVID.xml"/>
    366431                        <ibis:include href="section/AgeSexRaceCOVID.xml"
    367                                 configuration-name-list="Count, CrudeRateCases CrudeRateDeaths CrudeRateCasesLast7 CaseFatality PctDistribution"/>
    368                         <ibis:include href="section/SexRace.xml" configuration-name-list="AgeRate"/>
     432                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateDeaths, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
     433                        <ibis:include href="section/SexRace.xml" configuration-name-list="AgeRate, CaseFatalityAA"/>
    369434                </SECTIONS>
    370435        </CRITERIA>
    … …  
    378443                <ibis:include href="dimension/GeoSarea.xml"/>
    379444
    380                 <ibis:include href="dimension/CaseDisp4.xml"/>
    381                 <ibis:include href="dimension/ReasonTested.xml"/>
    382                 <ibis:include href="dimension/LongTermCare.xml"/>
    383                 <ibis:include href="dimension/Detention.xml"/>
     445                <ibis:include href="dimension/CaseDisp4.xml"
     446                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, PctDistribution"/>
     447                <ibis:include href="dimension/ReasonTested.xml"
     448                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
     449                <ibis:include href="dimension/LongTermCare.xml"
     450                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
     451                <ibis:include href="dimension/Detention.xml"
     452                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
    384453
    385454                <ibis:include href="dimension/MMWR_WeekCOVID.xml"/>
    … …  
    400469        </DIMENSIONS>
    401470
    402 
    403471</QUERY_MODULE>

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/COVID19CntyTests.xml

    r21165 r21170  
    5050                        </PARAMETERS>
    5151                        <CRITERIA>
     52                                <EXCLUDE/>
    5253                        </CRITERIA>
    5354                        <DATA_NOTES>
    … …  
    355356                        </PARAMETERS>
    356357                        <CRITERIA>
     358                                <EXCLUDE/>
    357359                        </CRITERIA>
    358360                        <DATA_NOTES>

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/COVID19Sarea.xml

    r21165 r21170  
    5353                        </PARAMETERS>
    5454                        <CRITERIA>
     55                                <EXCLUDE/>
    5556                        </CRITERIA>
    5657                        <DATA_NOTES>
    … …  
    9697                        </PARAMETERS>
    9798                        <CRITERIA>
    98                                 <EXCLUDE>
    99                                 </EXCLUDE>
     99                                <EXCLUDE/>
    100100                        </CRITERIA>
    101101                        <DATA_NOTES>
    … …  
    150150        -->                     <PARAMETER>
    151151                                        <NAME>spvar1</NAME>
    152                                         <VALUE>(invstrtdate&gt;=TODAY()-7)</VALUE>
     152                                        <VALUE>(invstrtdate&gt;=TODAY()-6)</VALUE>
    153153                                </PARAMETER>
    154154                                <PARAMETER>
    … …  
    158158                        </PARAMETERS>
    159159                        <CRITERIA>
    160                                 <EXCLUDE>
    161                                 </EXCLUDE>
     160                                <EXCLUDE/>
    162161                        </CRITERIA>
    163162                        <DATA_NOTES>
    … …  
    297296                                <PARAMETER>
    298297                                        <NAME>func</NAME>
    299                                         <VALUE>NM_CaseFatalityCOVID_AA.def</VALUE>
     298                                        <VALUE>NM_CaseFatalityCOVID.def</VALUE>
    300299                                </PARAMETER>
    301300                                <PARAMETER>
    … …  
    305304                        </PARAMETERS>
    306305                        <CRITERIA>
     306                                <EXCLUDE>
     307                                        <SELECTIONS>
     308                                                <SELECTION>
     309                                                        <NAME>CaseDisp4_exclude</NAME>
     310                                                        <VALUE>all</VALUE>
     311                                                </SELECTION>
     312                                        </SELECTIONS>
     313                                </EXCLUDE>
     314                        </CRITERIA>
     315                        <DATA_NOTES>
     316                                <ibis:include href="data_note/COVID_AA.xml"/>
     317                                <ibis:include href="data_note/Exclusions.xml"/>
     318                        </DATA_NOTES>
     319                        <DATA_SOURCE_NAMES>
     320                                <DATA_SOURCE_NAME>NMEDSS</DATA_SOURCE_NAME>
     321                        </DATA_SOURCE_NAMES>
     322                        <DATA_ISSUES>
     323                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     324                        </DATA_ISSUES>
     325                </CONFIGURATION>
     326
     327                <CONFIGURATION><NAME>CaseFatalityAA</NAME>
     328                        <TITLE>Case Fatality: Percentage of Cases Resulting in Death</TITLE>
     329                        <DESCRIPTION>The percentage of cases resulting in death.</DESCRIPTION>
     330                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
     331                        <DEFAULT_MAP_NAME>DEFAULT_YelOrRed</DEFAULT_MAP_NAME>
     332                        <DEFAULT_CHART_NAME>None</DEFAULT_CHART_NAME>
     333                        <MEASURE_NAME>PctDesirableLow</MEASURE_NAME>
     334                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Case Fatality: Percentage of Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     335                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     336                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     337                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     338                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     339                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     340                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     341                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     342                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     343                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     344                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>COVID-19 Deaths</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     345                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     346                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     347                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     348                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>COVID-19 Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     349                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     350                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     351                        <PARAMETERS>
     352                                <PARAMETER>
     353                                        <NAME>func</NAME>
     354                                        <VALUE>NM_CaseFatalityAACOVID.def</VALUE>
     355                                </PARAMETER>
     356                                <PARAMETER>
     357                                        <NAME>spvar1</NAME>
     358                                        <VALUE>disp4cat=1</VALUE>
     359                                </PARAMETER>
     360                        </PARAMETERS>
     361                        <CRITERIA>
     362                                <EXCLUDE>
     363                                        <SELECTIONS>
     364                                                <SELECTION>
     365                                                        <NAME>CaseDisp4_exclude</NAME>
     366                                                        <VALUE>all</VALUE>
     367                                                </SELECTION>
     368                                        </SELECTIONS>
     369                                </EXCLUDE>
    307370                        </CRITERIA>
    308371                        <DATA_NOTES>
    … …  
    343406                        </PARAMETERS>
    344407                        <CRITERIA>
     408                                <EXCLUDE/>
    345409                        </CRITERIA>
    346410                        <DATA_NOTES>
    … …  
    364428                </OVERVIEWS>
    365429                <SECTIONS>
    366                         <ibis:include href="section/CaseCharCOVID.xml"/>
     430                        <ibis:include href="section/CaseCharCOVID.xml"
     431                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
    367432                        <ibis:include href="section/GeoSarea.xml"/>
    368433                        <ibis:include href="section/PeriodCOVID.xml"/>
    369                         <ibis:include href="section/AgeSexRaceCOVID.xml"/>
     434                        <ibis:include href="section/AgeSexRaceCOVID.xml"
     435                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateDeaths, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
     436                        <ibis:include href="section/SexRace.xml" configuration-name-list="AgeRate, CaseFatalityAA"/>
    370437                </SECTIONS>
    371438        </CRITERIA>
    372439
    373440        <DIMENSIONS>
    374 
    375441                <ibis:include href="dimension/GeoProxy.xml"/>
    376442                <ibis:include href="dimension/GeoCnty.xml"/>
    … …  
    380446                <ibis:include href="dimension/GeoSarea.xml"/>
    381447
    382                 <ibis:include href="dimension/CaseDisp4.xml"/>
    383                 <ibis:include href="dimension/ReasonTested.xml"/>
    384                 <ibis:include href="dimension/LongTermCare.xml"/>
    385                 <ibis:include href="dimension/Detention.xml"/>
     448                <ibis:include href="dimension/CaseDisp4.xml"
     449                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, PctDistribution"/>
     450                <ibis:include href="dimension/ReasonTested.xml"
     451                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
     452                <ibis:include href="dimension/LongTermCare.xml"
     453                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
     454                <ibis:include href="dimension/Detention.xml"
     455                                configuration-name-list="Count, CrudeRateCases, CrudeRateCasesLast7, CaseFatality, PctDistribution"/>
    386456
    387457                <ibis:include href="dimension/MMWR_WeekCOVID.xml"/>
    388458
    389                 <ibis:include href="dimension/AgeGrpProxy.xml"/>
     459                <ibis:include href="dimension/AgeGrpProxy.xml" configuration-name-list="Count, CrudeRateCases CrudeRateDeaths CrudeRateCasesLast7 CaseFatality PctDistribution"/>
    390460                <ibis:include href="dimension/AgeGrp4.xml"/>
    391461                <ibis:include href="dimension/AgeGrp5.xml"/>
    … …  
    400470                <ibis:include href="dimension/Sex.xml"/>
    401471                <ibis:include href="dimension/RacEth.xml"/>
    402 
    403472        </DIMENSIONS>
    404473
    405 
    406474</QUERY_MODULE>

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/_COVIDSelection.xml

    r21058 r21170  
    4242                                </SELECTION>
    4343                                <SELECTION>
    44                                         <TITLE>Case Fatality Rate, Age-adjusted (Percentage of Cases Resulting in Death)</TITLE>
     44                                        <TITLE>Case Fatality Rate (Percentage of Cases Resulting in Death)</TITLE>
    4545                                        <LOCAL_URL>query/result/idepi/COVID19Cnty/CaseFatality.html</LOCAL_URL>
     46                                </SELECTION>
     47                                <SELECTION>
     48                                        <TITLE>Case Fatality Rate (Percentage of Cases Resulting in Death), Age-adjusted</TITLE>
     49                                        <LOCAL_URL>query/result/idepi/COVID19Cnty/CaseFatalityAA.html</LOCAL_URL>
    4650                                </SELECTION>
    4751                                <SELECTION>
    … …  
    99103                                </SELECTION>
    100104                                <SELECTION>
    101                                         <TITLE>Case Fatality Rate, Age-adjusted (Percentage of Cases Resulting in Death)</TITLE>
     105                                        <TITLE>Case Fatality Rate (Percentage of Cases Resulting in Death)</TITLE>
    102106                                        <LOCAL_URL>query/result/idepi/COVID19Sarea/CaseFatality.html</LOCAL_URL>
     107                                </SELECTION>
     108                                <SELECTION>
     109                                        <TITLE>Case Fatality Rate (Percentage of Cases Resulting in Death), Age-adjusted</TITLE>
     110                                        <LOCAL_URL>query/result/idepi/COVID19Sarea/CaseFatalityAA.html</LOCAL_URL>
    103111                                </SELECTION>
    104112                                <SELECTION>

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/dimension/GeoCnty.xml

    r21143 r21170  
    33<DIMENSION xmlns:ibis="http://www.ibisph.org">
    44        <NAME>GeoCnty</NAME> <!-- SAS varname numerator=rescnty, popdata=fipscode-->
    5         <TITLE>Mother's County of Residence</TITLE>
     5        <TITLE>County of Residence</TITLE>
    66        <GEOGRAPHY_FLAG>x</GEOGRAPHY_FLAG>
    77        <PROXY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</PROXY_DIMENSION_NAME>

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/dimension/GeoProxy.xml

    r21143 r21170  
    33<DIMENSION xmlns:ibis="http://www.ibisph.org">
    44        <NAME>GeoProxy</NAME>
    5         <TITLE>Geographic Area (Mother's Residence)</TITLE>
     5        <TITLE>Geographic Area (Residence)</TITLE>
    66        <GEOGRAPHY_FLAG>x</GEOGRAPHY_FLAG>
    77</DIMENSION>

  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/section/CaseCharCOVID.xml

    r21165 r21170  
    1919                <SELECTION>
    2020                        <TITLE>Case Disposition / Outcome</TITLE>
     21                        <NAME>CaseDisp4_exclude</NAME>
     22                        <VALUE>all</VALUE>
    2123                        <SELECTIONS>
    2224                                <SELECTION><TITLE>All Cases (default)</TITLE></SELECTION>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.