Changeset 20935 in main


Ignore:
Timestamp:
07/03/20 17:28:18 (4 weeks ago)
Author:
LoisHaggard_NM
Message:

nmibis-content query/idepi, temp commit

Location:
adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi
Files:
30 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/AllConditions.xml

    r20712 r20935  
    3535        <CONFIGURATIONS>
    3636       
    37                 <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
     37                <CONFIGURATION><NAME>CountAll</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    4141                        <DEFAULT_SERIES_DIMENSION_NAME>Disease</DEFAULT_SERIES_DIMENSION_NAME>
     42                        <DEFAULT_CHART_NAME>LineYearRace</DEFAULT_CHART_NAME>
    4243                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
    4344                        <PARAMETERS>
     
    4849                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    4950                        </PARAMETERS>
    50                         <DEFAULT_CHART_NAME>LineYearRace</DEFAULT_CHART_NAME>
    5151                        <CRITERIA>
    52                                 <EXCLUDE>
    53                                         <MAP_NAMES>
    54                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    55                                         </MAP_NAMES>
    56                                 </EXCLUDE>
     52                                <EXCLUDE/>
    5753                        </CRITERIA>
    5854                        <DATA_SOURCES>
     
    7066                </CONFIGURATION>
    7167               
    72                 <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
     68                <CONFIGURATION><NAME>RateAll</NAME>
    7369                        <TITLE>Cases per 100,000 Population</TITLE>
    7470                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
     
    10197                        <DEFAULT_CHART_NAME>LineYearRace</DEFAULT_CHART_NAME>
    10298                        <CRITERIA>
    103                                 <EXCLUDE>
    104                                         <MAP_NAMES>
    105                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    106                                         </MAP_NAMES>
    107                                 </EXCLUDE>
     99                                <EXCLUDE/>
    108100                        </CRITERIA>
    109101                        <DATA_NOTES>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Botulism.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, notifiable diseases, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
    35         <CONFIGURATIONS>       
    36        
     34
     35        <CONFIGURATIONS>
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Botulism Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Botulism Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Botulism Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    7267                                        <VALUE>10550</VALUE>
    7368                                </PARAMETER>
     69                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    7470                        </PARAMETERS>
    75                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    7671                        <CRITERIA>
    77                                 <EXCLUDE>
    78                                         <MAP_NAMES>
    79                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    80                                         </MAP_NAMES>
    81                                 </EXCLUDE>
     72                                <EXCLUDE/>
    8273                        </CRITERIA>
    8374                        <DATA_SOURCES>
     
    8677                        </DATA_SOURCES>
    8778                        <DATA_NOTES>
    88                                 <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    8979                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    9080                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    9585                        </DATA_ISSUES>
    9686                </CONFIGURATION>
    97                
     87
    9888                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    9989                        <TITLE>Botulism Cases per 100,000 Population</TITLE>
    10090                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    10191                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    102                         <MEASURES>
    103                                 <MEASURE>
    104                                         <NAME>Rate</NAME>
    105                                         <TITLE>Botulism Cases per 100,000 Population</TITLE>
    106                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    107                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    108                                         <NUMERATOR>
    109                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    110                                                 <DESCRIPTION>Botulism cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    111                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    112                                         </NUMERATOR>
    113                                         <DENOMINATOR>
    114                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    115                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    116                                                 the total (July 1) population for that geography and
    117                                                 sub-population (e.g., age group).
    118                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    119                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    120                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    121                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    122                                         </DENOMINATOR>
    123                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    124                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    125                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    126                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    127                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    128                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    129                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    130                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    131                                 </MEASURE>
    132                                 <MEASURE>
    133                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    134                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    135                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    136                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    137                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    138                                 </MEASURE>
    139                         </MEASURES>
     92                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     93                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     94                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Botulism Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     95                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     96                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     97                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     98                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     99                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     100                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     101                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     102                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     103                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     104                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Botulism Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     105                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     106                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     107                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     108                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     109                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     110                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    140111                        <PARAMETERS>
    141112                                <PARAMETER>
    142113                                        <NAME>func</NAME>
    143                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     114                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    144115                                </PARAMETER>
    145116                                <PARAMETER>
     
    163134                                        <VALUE>10550</VALUE>
    164135                                </PARAMETER>
     136                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    165137                        </PARAMETERS>
    166                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    167138                        <CRITERIA>
    168                                 <EXCLUDE>
    169                                         <MAP_NAMES>
    170                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    171                                         </MAP_NAMES>
    172                                 </EXCLUDE>
     139                                <EXCLUDE/>
    173140                        </CRITERIA>
    174141                        <DATA_NOTES>
     
    197164                </OVERVIEWS>
    198165                <SECTIONS>
    199                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     166                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    200167                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    201168                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    206173        </CRITERIA>
    207174
    208                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     175                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    209176
    210177</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Campy.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, notifiable diseases, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Campylobacter Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Campylobacter Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Campylobacter Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11020</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Campy.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Campylobacter Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Campylobacter cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Campylobacter Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Campylobacter Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11020</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Campy.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Cocci.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, notifiable diseases, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
    35         <CONFIGURATIONS>       
    36        
     34
     35        <CONFIGURATIONS>
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Coccidiodomycosis Cases (Valley Fever)</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of Coccidiodomycosis Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Coccidiodomycosis Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Coccidiodomycosis Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11900</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Cocci.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Coccidiodomycosis Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Coccidiodomycosis cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Coccidiodomycosis Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Coccidiodomycosis Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE> <!-- secure uses Rate.def, public uses NM_Rate.def -->
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11900</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Cocci.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Crypto.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, notifiable diseases, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
    35         <CONFIGURATIONS>       
    36        
     34
     35        <CONFIGURATIONS>
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of CryptosporidiosisCases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of Cryptosporidiosis Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of CryptosporidiosisCases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Cryptosporidiosis Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11580</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Cryptosporidiosis.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>CryptosporidiosisCases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Cryptosporidiosiscases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Cryptosporidiosis Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Cryptosporidiosis Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11580</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Cryptosporidiosis.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Dashboard.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Sep 13, 2018</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    2525                <PARAMETER>
    2626                        <NAME>Year</NAME>
    27                         <VALUE>2014</VALUE>
    28                 </PARAMETER>
    29                 <PARAMETER>
    30                         <NAME>Year</NAME>
    3127                        <VALUE>2015</VALUE>
    3228                </PARAMETER>
     
    4642                        <NAME>Year</NAME>
    4743                        <VALUE>2019</VALUE>
     44                </PARAMETER>
     45                <PARAMETER>
     46                        <NAME>Year</NAME>
     47                        <VALUE>2020</VALUE>
    4848                </PARAMETER>
    4949                <PARAMETER>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Giardia.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, notifiable diseases, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
    35         <CONFIGURATIONS>       
    36        
     34
     35        <CONFIGURATIONS>
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Giardia Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Giardia Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Giardia Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11570</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Giardia.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Giardia Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Giardia cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Giardia Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Giardia Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11570</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Giardia.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/HepA.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Hepatitis A (Infectious Hepatitis) Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Hepatitis A (Infectious Hepatitis) Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Hepatitis A Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10110</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/HepA.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Hepatitis A (Infectious Hepatitis) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>Hepatitis A Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Hepatitis A (Infectious Hepatitis) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Hepatitis A (Infectious Hepatitis) cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Hepatitis A Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Hepatitis A (Infectious Hepatitis) Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>10110</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/HepA.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    158125
    159126        </CONFIGURATIONS>
    160        
     127
    161128        <CRITERIA>
    162129                <OVERVIEWS>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/HepB.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3535        <CONFIGURATIONS>
    3636       
    37                 <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
     37                <CONFIGURATION><NAME>CountHepB</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Hepatitis B Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Hepatitis B Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
     
    8479                </CONFIGURATION>
    8580
    86                 <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
     81                <CONFIGURATION><NAME>RateHepB</NAME>
    8782                        <TITLE>Hepatitis B Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8883                        <DESCRIPTION>The number of cases x 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8984                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    90                         <MEASURES>
    91                                 <MEASURE>
    92                                         <NAME>Rate</NAME>
    93                                         <TITLE>Hepatitis B Cases per 100,000 Population</TITLE>
    94                                         <DESCRIPTION>The number of cases x 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    95                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         <NUMERATOR>
    97                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    98                                                 <DESCRIPTION>Hepatitis B cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    99                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    100                                         </NUMERATOR>
    101                                         <DENOMINATOR>
    102                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    103                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    104                                                 the total (July 1) population for that geography and
    105                                                 sub-population (e.g., age group).
    106                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    107                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    108                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    109                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    110                                         </DENOMINATOR>
    111                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    116                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    117                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    118                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    119                                 </MEASURE>
    120                                 <MEASURE>
    121                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    122                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    123                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    124                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    125                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    126                                 </MEASURE>
    127                         </MEASURES>
     85                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     86                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     87                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     88                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     89                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     91                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     92                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     93                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     94                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     95                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     96                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     97                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     98                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     99                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     100                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     101                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     102                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     103                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    128104                        <PARAMETERS>
    129105                                <PARAMETER>
     
    183159        </CRITERIA>
    184160
    185         <DIMENSIONS xmlns:ibis="http://www.ibisph.org">
     161        <DIMENSIONS>
    186162
    187163                <ibis:include href="dimension/Month.xml"/>
     
    189165                <ibis:include href="dimension/MMWR_Week.xml"/>
    190166                <ibis:include href="dimension/MMWR_Year.xml"/>
    191        
     167
    192168                <ibis:include href="dimension/Status.xml"/>
    193169                <ibis:include href="dimension/HepBAcuteChronic.xml"/>
     
    196172                <ibis:include href="dimension/GeoRegion.xml"/>
    197173                <ibis:include href="dimension/GeoCnty.xml"/>
    198                
     174
    199175                <ibis:include href="dimension/AgeGrpProxy.xml"/>
    200176                <ibis:include href="dimension/AgeGrp4.xml"/>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/HepC_TurnOff20181120.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Feb 04, 2015</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Hib.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    3838                        <TITLE>Number of Haemophilus Influenzae, Invasive Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Haemophilus Influenzae Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of Haemophilus Influenzae Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10590</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Haemophilus.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Haemophilus Influenzae Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Haemophilus influenzae cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Haemophilus Influenzae Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Haemophilus Influenzae Cases Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>10590</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Haemophilus.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    158125
    159126        </CONFIGURATIONS>
    160        
     127
    161128        <CRITERIA>
    162129                <OVERVIEWS>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Legion.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Legionellosis Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Legionellosis Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10490</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Legion.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Legionellosis Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Legionellosis Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Legionellosis cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>10490</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Legion.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    158125
    159126        </CONFIGURATIONS>
    160        
     127
    161128        <CRITERIA>
    162129                <OVERVIEWS>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Mening.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Meningococcal Disease (Neisseria mengitidis) Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Meningococcal Disease Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10150</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Mening.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Meningococcal Disease (Neisseria mengitidis) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Meningococcal Disease (Neisseria mengitidis) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Meningococcal Disease cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>10150</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Mening.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    158125
    159126        </CONFIGURATIONS>
    160        
     127
    161128        <CRITERIA>
    162129                <OVERVIEWS>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Pertussis.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <!-- --><QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Pertussis (Whooping Cough) Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Pertussis (Whooping Cough) Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10190</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Pertussi.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Pertussis (Whooping Cough) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Pertussis (Whooping Cough) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Pertussis (Whooping Cough) cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>10190</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Pertussi.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    158125
    159126        </CONFIGURATIONS>
    160        
     127
    161128        <CRITERIA>
    162129                <OVERVIEWS>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Plague.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Plague Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Plague Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10440</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Plague.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
    7969                        </DATA_ISSUES>
    8070                </CONFIGURATION>
    81 
     71               
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Plague Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Plague Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Plague cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>10440</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Plague.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    158125
    159126        </CONFIGURATIONS>
    160        
     127
    161128        <CRITERIA>
    162129                <OVERVIEWS>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Rabies.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Rabies Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
     
    9691                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    9792                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    98                         <MEASURES>
    99                                 <MEASURE>
    100                                         <NAME>Rate</NAME>
    101                                         <TITLE>Animal Rabies Cases per 100,000 Human Population</TITLE>
    102                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    103                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    104                                         <NUMERATOR>
    105                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    106                                                 <DESCRIPTION>Rabies cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    107                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    108                                         </NUMERATOR>
    109                                         <DENOMINATOR>
    110                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    111                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    112                                                 the total (July 1) population for that geography and
    113                                                 sub-population (e.g., age group).
    114                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    115                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    116                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    117                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    118                                         </DENOMINATOR>
    119                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    120                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    121                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    122                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    123                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    124                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    125                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    126                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    127                                 </MEASURE>
    128                                 <MEASURE>
    129                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    130                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    131                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    132                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    133                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    134                                 </MEASURE>
    135                         </MEASURES>
     93                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     94                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     95                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     96                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     97                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     98                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     99                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     100                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     101                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     102                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     103                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     104                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     105                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     106                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     107                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     108                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     109                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     110                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     111                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    136112                        <PARAMETERS>
    137113                                <PARAMETER>
     
    146122                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    147123                        <CRITERIA>
    148                                 <EXCLUDE>
    149                                         <SECTION_NAMES>
    150                                                 <SECTION_NAME>HepBAcuteChronic</SECTION_NAME>
    151                                                 <SECTION_NAME>RacEth</SECTION_NAME>
    152                                                 <SECTION_NAME>AgeGrp</SECTION_NAME>
    153                                                 <SECTION_NAME>Sex</SECTION_NAME>
    154                                         </SECTION_NAMES>
    155                                         <DIMENSION_NAMES>
    156                                                 <DIMENSION_NAME>HepBAcuteChronic</DIMENSION_NAME>
    157                                                 <DIMENSION_NAME>RacEth</DIMENSION_NAME>
    158                                                 <DIMENSION_NAME>AgeGrpProxy</DIMENSION_NAME>
    159                                                 <DIMENSION_NAME>Sex</DIMENSION_NAME>
    160                                         </DIMENSION_NAMES>
    161                                         <MAP_NAMES>
    162                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    163                                         </MAP_NAMES>
    164                                 </EXCLUDE>
     124                                <EXCLUDE/>
    165125                        </CRITERIA>
    166126                        <DATA_NOTES>
     
    192152                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    193153                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
    194                         <ibis:include href="section/AgeGrp.xml"/>
    195                         <ibis:include href="section/Sex.xml"/>
    196                         <ibis:include href="section/RacEth.xml"/>
    197154                </SECTIONS>
    198155        </CRITERIA>
    199156
    200                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     157        <DIMENSIONS xmlns:ibis="http://www.ibisph.org">
    201158
     159                <ibis:include href="../dimension/Month.xml"/>
     160                <ibis:include href="../dimension/Year.xml"/>
     161                <ibis:include href="../dimension/MMWR_Week.xml"/>
     162                <ibis:include href="../dimension/MMWR_Year.xml"/>
     163
     164                <ibis:include href="../dimension/CaseStatus.xml"/>
     165                <ibis:include href="../dimension/Event.xml"/>
     166
     167                <ibis:include href="../dimension/GeoProxy.xml"/>
     168                <ibis:include href="../dimension/GeoRegion.xml"/>
     169                <ibis:include href="../dimension/GeoCnty.xml"/>
     170
     171        </DIMENSIONS>
    202172</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/STEC.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11563</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/EColiSTEC.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Shiga toxin-producing E. coli (STEC) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Shiga toxin-producing E. coli (STEC) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Shiga toxin-producing E. coli reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11563</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/EColiSTEC.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Salmonella.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Salmonellosis (Salmonella) Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Salmonellosis (Salmonella) Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    6459                                        <VALUE>50265</VALUE>
    6560                                </PARAMETER>
     61                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    6662                        </PARAMETERS>
    67                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6863                        <CRITERIA>
    69                                 <EXCLUDE>
    70                                         <MAP_NAMES>
    71                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    72                                         </MAP_NAMES>
    73                                 </EXCLUDE>
     64                                <EXCLUDE/>
    7465                        </CRITERIA>
     66                        <DATA_SOURCES>
     67                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     68                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     69                        </DATA_SOURCES>
    7570                        <DATA_NOTES>
    76                                 <ibis:include href="data_note/Salmon.xml"/>
    7771                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7872                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7973                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    8074                        </DATA_NOTES>
    81                         <DATA_SOURCES>
    82                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    83                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    84                         </DATA_SOURCES>
    8575                        <DATA_ISSUES>
    8676                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8979
    9080                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    91                         <TITLE>Salmonellosis (Salmonella) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     81                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    9282                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    9383                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    94                         <MEASURES>
    95                                 <MEASURE>
    96                                         <NAME>Rate</NAME>
    97                                         <TITLE>Salmonellosis (Salmonella) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    98                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    99                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    100                                         <NUMERATOR>
    101                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    102                                                 <DESCRIPTION>Salmonellosis (Salmonella) cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    103                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    104                                         </NUMERATOR>
    105                                         <DENOMINATOR>
    106                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    107                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    108                                                 the total (July 1) population for that geography and
    109                                                 sub-population (e.g., age group).
    110                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    111                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    112                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    113                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    114                                         </DENOMINATOR>
    115                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    116                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    117                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    118                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    119                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    120                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    121                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    122                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    123                                 </MEASURE>
    124                                 <MEASURE>
    125                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    126                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    127                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    128                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    129                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    130                                 </MEASURE>
    131                         </MEASURES>
     84                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     85                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     86                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     87                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     88                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     89                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     90                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     95                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     96                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     97                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     98                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     99                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     100                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     101                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     102                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    132103                        <PARAMETERS>
    133104                                <PARAMETER>
    134105                                        <NAME>func</NAME>
    135                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     106                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    136107                                </PARAMETER>
    137108                                <PARAMETER>
     
    147118                                        <VALUE>50265</VALUE>
    148119                                </PARAMETER>
     120                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    149121                        </PARAMETERS>
    150                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    151122                        <CRITERIA>
    152                                 <EXCLUDE>
    153                                         <MAP_NAMES>
    154                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    155                                         </MAP_NAMES>
    156                                 </EXCLUDE>
     123                                <EXCLUDE/>
    157124                        </CRITERIA>
    158125                        <DATA_NOTES>
    159                                 <ibis:include href="data_note/Salmon.xml"/>
     126                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    160127                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    161128                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    181148                </OVERVIEWS>
    182149                <SECTIONS>
    183                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     150                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    184151                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    185152                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/Shigella.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Shigellosis (Shigella) Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Shigellosis (Shigella) Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11010</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/Shigella.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Shigellosis (Shigella) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Shigellosis (Shigella) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Shigellosis (Shigella) cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11010</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/Shigella.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/StrepAInv.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Group A Strep, invasive Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Group A Strep Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11710</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/StrepAInv.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Group A Strep, invasive Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Group A Strep Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Group A Strep cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE> <!-- secure uses Rate.def, public uses NM_Rate.def -->
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11710</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/StrepAInv.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/StrepBInv.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Group B Strep, invasive Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Group B Strep Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11715</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/StrepBInv.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Group B Strep, invasive Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Group B Strep Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Group B Strep cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI -UL-</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                         <!--<NOT_SELECTABLE_FLAG/>-->
    122                                 </MEASURE>
    123                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12495                        <PARAMETERS>
    12596                                <PARAMETER>
    12697                                        <NAME>func</NAME>
    127                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12899                                </PARAMETER>
    129100                                <PARAMETER>
     
    131102                                        <VALUE>11715</VALUE>
    132103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    133105                        </PARAMETERS>
    134                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    135106                        <CRITERIA>
    136                                 <EXCLUDE>
    137                                         <MAP_NAMES>
    138                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    139                                         </MAP_NAMES>
    140                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    141108                        </CRITERIA>
    142109                        <DATA_NOTES>
    143                                 <ibis:include href="data_note/StrepBInv.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    144111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    145112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    165132                </OVERVIEWS>
    166133                <SECTIONS>
    167                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    168135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    169136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    174141        </CRITERIA>
    175142
    176                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    177144
    178145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/StrepPneumo.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Streptococcus Pneumoniae Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Streptococcus Pneumoniae Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>11723</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <MAP_NAMES>
    63                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    64                                         </MAP_NAMES>
    65                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    6657                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    6762                        <DATA_NOTES>
    68                                 <ibis:include href="data_note/StrepPneumo.xml"/>
    6963                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    7064                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    7165                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    7266                        </DATA_NOTES>
    73                         <DATA_SOURCES>
    74                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    75                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    76                         </DATA_SOURCES>
    7767                        <DATA_ISSUES>
    7868                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    8171
    8272                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    83                         <TITLE>Streptococcus Pneumoniae Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    8474                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    8575                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    86                         <MEASURES>
    87                                 <MEASURE>
    88                                         <NAME>Rate</NAME>
    89                                         <TITLE>Streptococcus Pneumoniae Cases per 100,000 Population</TITLE>
    90                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    91                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    92                                         <NUMERATOR>
    93                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    94                                                 <DESCRIPTION>Streptococcus Pneumoniae cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    95                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    96                                         </NUMERATOR>
    97                                         <DENOMINATOR>
    98                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    99                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    100                                                 the total (July 1) population for that geography and
    101                                                 sub-population (e.g., age group).
    102                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    103                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    104                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    105                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         </DENOMINATOR>
    107                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    108                                                 <TITLE>95% CI LL</TITLE>
    109                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    110                                         </LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    111                                         <UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    112                                                 <TITLE>95%CI UL</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Upper Limit</DESCRIPTION>
    114                                         </UPPER_CONFIDENCE_LIMIT>
    115                                 </MEASURE>
    116                                 <MEASURE>
    117                                         <NAME>Reliability_Flag</NAME>
    118                                         <TITLE>Statistical Stability</TITLE>
    119                                         <DESCRIPTION>Statistical stability indicator.</DESCRIPTION>
    120                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>#</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    121                                 </MEASURE>
    122                         </MEASURES>
     76                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     77                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     78                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>xxx Cases per 100,000 Population</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
     79                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
     80                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     81                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     82                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     83                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     84                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     85                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     86                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     87                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     88                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of xxx Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     89                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     90                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     91                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
     92                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Population Estimate</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
     93                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
     94                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
    12395                        <PARAMETERS>
    12496                                <PARAMETER>
    12597                                        <NAME>func</NAME>
    126                                         <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100K.def</VALUE>
     98                                        <VALUE>NM_RateCrudeMoWkPersYrs100KALL.def</VALUE>
    12799                                </PARAMETER>
    128100                                <PARAMETER>
     
    130102                                        <VALUE>11723</VALUE>
    131103                                </PARAMETER>
     104                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    132105                        </PARAMETERS>
    133                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    134106                        <CRITERIA>
    135                                 <EXCLUDE>
    136                                         <MAP_NAMES>
    137                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    138                                         </MAP_NAMES>
    139                                 </EXCLUDE>
     107                                <EXCLUDE/>
    140108                        </CRITERIA>
    141109                        <DATA_NOTES>
    142                                 <ibis:include href="data_note/StrepPneumo.xml"/>
     110                                <ibis:include href="data_note/Botulism.xml"/>
    143111                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    144112                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
     
    164132                </OVERVIEWS>
    165133                <SECTIONS>
    166                         <ibis:include href="section/CaseStat.xml"/>
     134                        <ibis:include href="section/CaseStatus.xml"/>
    167135                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
    168136                        <ibis:include href="section/Period_MMWR.xml"/>
     
    173141        </CRITERIA>
    174142
    175                 <ibis:include href="dimensions/Event.xml"/>
     143                <ibis:include href="dimensions/StandardDims.xml"/>
    176144
    177145</QUERY_MODULE>
  • adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/TB.xml

    r20626 r20935  
    66        <TITLE>New Mexico Infectious Disease Data (data updated nightly)</TITLE>
    77        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
    8         <VERSION>Jan 25, 2019</VERSION>
     8        <VERSION>Jul 2, 2020</VERSION>
    99        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
    1010        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
     
    1313                <PARAMETER>
    1414                        <NAME>config</NAME>
    15                         <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi23\_IDEpi.cfg</VALUE>
     15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_IDEpi.cfg</VALUE>
    1616                </PARAMETER>
    1717                <PARAMETER>
     
    3232        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
    3333        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
    34        
     34
    3535        <CONFIGURATIONS>
    36        
     36
    3737                <CONFIGURATION><NAME>Count</NAME>
    38                         <TITLE>Number of Tuberculosis (TB) Cases</TITLE>
     38                        <TITLE>Number of xxx Cases</TITLE>
    3939                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
    4040                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    41                         <MEASURES>
    42                                 <MEASURE>
    43                                         <NAME>Count</NAME>
    44                                         <TITLE>Number of Tuberculosis Cases</TITLE>
    45                                         <DESCRIPTION>Number of cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    46                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    47                                 </MEASURE>
    48                         </MEASURES>
     41                        <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
     42                        <MEASURE_NAME>NumCases</MEASURE_NAME>
     43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Number of xxx Cases</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
    4944                        <PARAMETERS>
    5045                                <PARAMETER>
    5146                                        <NAME>func</NAME>
    52                                         <VALUE>NM_CountMoWkPersYrs.def</VALUE>
     47                                        <VALUE>NM_CountMoWkPersYrsALL.def</VALUE>
    5348                                </PARAMETER>
    5449                                <PARAMETER>
     
    5651                                        <VALUE>10220</VALUE>
    5752                                </PARAMETER>
     53                                <ibis:include href="parameter/DiseaseDataWhere.xml"/>
    5854                        </PARAMETERS>
    59                         <DEFAULT_CHART_NAME>GroupedBar</DEFAULT_CHART_NAME>
    6055                        <CRITERIA>
    61                                 <EXCLUDE>
    62                                         <SELECTIONS>
    63                                                 <SELECTION>
    64                                                         <NAME>Year04_</NAME>
    65                                                         <VALUE>2006</VALUE>
    66                                                 </SELECTION>
    67                                                 <SELECTION>
    68                                                         <NAME>Year04_</NAME>
    69                                                         <VALUE>2007</VALUE>
    70                                                 </SELECTION>
    71                                                 <SELECTION>
    72                                                         <NAME>Year04_</NAME>
    73                                                         <VALUE>2008</VALUE>
    74                                                 </SELECTION>
    75                                         </SELECTIONS>
    76                                         <MAP_NAMES>
    77                                                 <MAP_NAME>ReverseColor</MAP_NAME>
    78                                         </MAP_NAMES>
    79                                 </EXCLUDE>
     56                                <EXCLUDE/>
    8057                        </CRITERIA>
     58                        <DATA_SOURCES>
     59                                <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
     60                                <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
     61                        </DATA_SOURCES>
    8162                        <DATA_NOTES>
    82                                 <ibis:include href="data_note/TB.xml"/>
    8363                                <ibis:include href="data_note/RedFlag.xml"/>
    8464                                <ibis:include href="data_note/IDEpiAll.xml"/>
    8565                                <ibis:include href="data_note/MapGuidance.xml"/>
    8666                        </DATA_NOTES>
    87                         <DATA_SOURCES>
    88                                 <ibis:include href="data_source/NMEDSS.xml"/>
    89                                 <ibis:include href="data_source/GPS.xml"/>
    90                         </DATA_SOURCES>
    9167                        <DATA_ISSUES>
    9268                                <ibis:include href="data_issue/IDEpiNotify.xml"/>
     
    9571
    9672                <CONFIGURATION><NAME>Rate</NAME>
    97                         <TITLE>Number of Tuberculosis (TB) Cases per 100,000 Population</TITLE>
     73                        <TITLE>xxx Cases per 100,000 Population</TITLE>
    9874                        <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    9975                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>Month</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
    100                         <MEASURES>
    101                                 <MEASURE>
    102                                         <NAME>Rate</NAME>
    103                                         <TITLE>Tuberculosis (TB) Cases per 100,000 Population</TITLE>
    104                                         <DESCRIPTION>The number of cases * 100,000, divided by the population estimate over the time period.</DESCRIPTION>
    105                                         <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0.0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    106                                         <NUMERATOR>
    107                                                 <TITLE>Number of Cases</TITLE>
    108                                                 <DESCRIPTION>Tuberculosis (TB) cases reported to the health department.</DESCRIPTION>
    109                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    110                                         </NUMERATOR>
    111                                         <DENOMINATOR>
    112                                                 <TITLE>Person Years</TITLE>
    113                                                 <DESCRIPTION>For events counted over an entire year, person-years is
    114                                                 the total (July 1) population for that geography and
    115                                                 sub-population (e.g., age group).
    116                                                 For multiple years it is the sum of the July 1 population in each year.
    117                                                 For monthly estimates, person-years is calculated as the
    118                                                 annual population divided by 12.</DESCRIPTION>
    119                                                 <XSLT_FORMAT_PATTERN>,##0</XSLT_FORMAT_PATTERN>
    120                                         </DENOMINATOR>
    121                                         <LOWER_CONFIDENCE_LIMIT>
    122                                                 <TITLE>95%CI -LL-</TITLE>
    123                                                 <DESCRIPTION>95% Confidence Interval Lower Limit</DESCRIPTION>
    124                                         </LOWER_