Changeset 19744 in main


Ignore:
Timestamp:
01/24/20 16:58:21 (2 months ago)
Author:
Paul Leo
Message:

Updating .def files with correct cell suppression rules for Montana
Turning off the suppress_rule skip in the .cfg files

Location:
adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/MT_Average_data_frame.def

    r19478 r19744  
    2525                ?cross2? %cross2%
    2626                ;
    27                 format mean 5.2 count 9.0 sum 9.0 stderr 6.2;
     27                *format mean 5.2 count 9.0 sum 9.0 stderr 6.2;
    2828                output out=tmp mean=mean n=count sum=sum stderr=stderr;
    2929        run;
    … …  
    8989 * the numerator and denominator counts for the cell suppression. ;
    9090 *****************************************************************;
    91         %let flag=0;
    92         ?popcross1? %let flag=1;
    93         ?popcross2? %let flag=1;
    94         ?popcross1? ?popcross2? %let flag=2;
    95 
    96         %macro popcross;
    97 
    98         %if &flag=0 %then %do;
    99                 proc summary data=poptmp;
    100                         var popcount;
    101                         output out=pop sum=popcount;
    102                 run;
    103                 proc sql;
    104                         create table rate as
    105                         select tmp.*, pop.*
    106                         from tmp, pop
    107                 quit;
    108         %end;
    109 
    110         %if &flag=1 %then %do;
    111                 proc summary data=poptmp;
    112                         var popcount;
    113                         class %popcross1% %popcross2%;
    114                         output out=pop sum=popcount;
    115                 run;
    116                 data pop;
    117                         set pop;
    118                         rename
    119                         ?popcross1? %popcross1%=%cross1%
    120                         ?popcross2? %popcross2%=%cross2%
    121                         ;
    122                         drop _TYPE_ _FREQ_ ;
    123                         run;
    124                 proc sort data=pop;
    125                         ?popcross1? by %cross1%;
    126                         ?popcross2? by %cross2%;
    127                 run;
    128                 proc sort data=tmp;
    129                         ?popcross1? by %cross1%;
    130                         ?popcross2? by %cross2%;
    131                 run;
    132                 proc print data=pop noobs; title2 '3. POP - pop dataset'; run;
    133                 data rate;
    134                         merge tmp pop;
    135                         ?popcross1? by %cross1%;
    136                         ?popcross2? by %cross2%;
    137                 run;
    138         %end;
    139 
    140         %if &flag=2 %then %do;
    141                 proc summary data=poptmp;
    142                         var popcount;
    143                         class %popcross1% %popcross2%  ;
    144                         output out=pop sum=popcount;
    145                 run;
    146                 data pop;
    147                         set pop;
    148                         rename %popcross1%=%cross1%  %popcross2%=%cross2% ;
    149                         run;
    150                 proc sort data=pop;
    151                         by %cross1% %cross2%;
    152                 run;
    153                 proc sort data=tmp;
    154                         by %cross1% %cross2%;
    155                 run;
    156                 data rate;
    157                         merge tmp pop;
    158                         by %cross1% %cross2%
    159                         ;
    160                 run;
    161         %end;
    162         %mend;
    163         %popcross;
    164 
    165  ********************** 4. tmp, again ****************************;
    166  * Create the output variables for the IBIS xml/map file.         ;
    167  *****************************************************************;
    168         data tmp;
    169                 set rate;
    170 
    171  *****************************************************************;
    172  * Student's t distribution. df=count-1. The "Z" value is really  ;
    173  * the critical value of "t", two tailed, with an alpha of 0.025. ;
    174  *****************************************************************;
    175                      if count=1  then Z=  .;
    176                 else if count=2  then Z= 12.706;
    177                 else if count=3  then Z=  4.303;
    178                 else if count=4  then Z=  3.182;
    179                 else if count=5  then Z=  2.776;
    180                 else if count=6  then Z=  2.571;
    181                 else if count=7  then Z=  2.447;
    182                 else if count=8  then Z=  2.365;
    183                 else if count=9  then Z=  2.306;
    184                 else if count=10 then Z=  2.262;
    185                 else if count=11 then Z=  2.228;
    186                 else if count=12 then Z=  2.201;
    187                 else if count=13 then Z=  2.179;
    188                 else if count=14 then Z=  2.160;
    189                 else if count=15 then Z=  2.145;
    190                 else if count=16 then Z=  2.131;
    191                 else if count=17 then Z=  2.120;
    192                 else if count=18 then Z=  2.110;
    193                 else if count=19 then Z=  2.101;
    194                 else if count=20 then Z=  2.093;
    195                 else if count=21 then Z=  2.086;
    196                 else if count=22 then Z=  2.074;
    197                 else if count=23 then Z=  2.069;
    198                 else if count=24 then Z=  2.064;
    199                 else if count=25 then Z=  2.060;
    200                 else if count=26 then Z=  2.056;
    201                 else if count=27 then Z=  2.052;
    202                 else if count=28 then Z=  2.048;
    203                 else if count=29 then Z=  2.045;
    204                 else if count=30 then Z=  2.042;
    205                 else if count>30 then Z=  1.96;
    206 
    207                 t1=mean-(Z*stderr);
    208                 if (t1<0) then t1=0;
    209                 if count in (0 1) then t1=.;
    210                 LL=put(t1, 8.2);
    211                 UL=put((mean+(z*stderr)), 8.2);
    212                 LL=compress(LL);
    213                 UL=compress(UL);
    214                 n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    215 
    216                
    217         proc print data=tmp;  title2 '4. tmp again - t1=mean*stderr, LL,UL,n before suppression';
     91        %let flag=0;
     92        ?popcross1? %let flag=1;
     93        ?popcross2? %let flag=1;
     94        ?popcross1? ?popcross2? %let flag=2;
     95
     96        %macro popcross;
     97
     98        %if &flag=0 %then %do;
     99                proc summary data=poptmp;
     100                        var popcount;
     101                        output out=pop sum=popcount;
     102                run;
     103                proc sql;
     104                        create table rate as
     105                        select tmp.*, pop.*
     106                        from tmp, pop
     107                quit;
     108        %end;
     109
     110        %if &flag=1 %then %do;
     111                proc summary data=poptmp;
     112                        var popcount;
     113                        class %popcross1% %popcross2%;
     114                        output out=pop sum=popcount;
     115                run;
     116                proc sql;
     117                        create table rate as
     118                        select tmp.*, pop.*
     119                        from tmp, pop
     120                        where
     121                        ?popcross1? tmp.%cross1%=pop.%popcross1%;
     122                        ?popcross2? tmp.%cross2%=pop.%popcross2%; 
     123                quit;
     124        %end;
     125
     126        %if &flag=2 %then %do;
     127                proc summary data=poptmp;
     128                        var popcount;
     129                        class %popcross1% %popcross2%  ;
     130                        output out=pop sum=popcount;
     131                run;
     132                proc sql;
     133                        create table rate as
     134                        select tmp.*, pop.*
     135                        from tmp, pop
     136                        where tmp.%cross1%=pop.%popcross1% and
     137                        tmp.%cross2%=pop.%popcross2%;
     138                quit;
     139        %end;
     140        %mend;
     141        %popcross;
     142proc print data=rate noobs;  title2 '3. merged tmp and pop prior to cell suppression';
    218143        run;
    219 
    220  ********************** 5. tmp, again Redflag and cell suppression *************;
     144       
     145 ********************** 4. tmp, again Redflag and cell suppression *************;
    221146 * Create the output variables for the IBIS xml/map file.                                               ;
    222147 * Add Redflag                                                                                                                                  ;
    … …  
    227152 *                                                                                                                                                              ;
    228153 * And Apply Montana specific Small numbers rules as follows                                    ;
    229  *  1. Suppress cells if absolute count <5                                                                              ;
    230  *  2. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                                   ;
    231  *        number in a cell less than 5 by  subtraction                                                          ;
    232  *              Note: I think we just suppress everything in case #2                                    ;
    233  *  3. do not compute rates based on fewer than 20 events.                                              ;
    234  *      This would include rates like deaths per 100,000, low birth                             ;
    235  *      weight as % of live births, or ratios like maternal mortality                   ;
    236  *      per 100 live births.                                                                                                    ;
    237  *              Note: for crude rates if 20 <=count<100 would use Poisson,                              ;
    238  *                      for computing confidence intervals but according to Cody this does      ;
    239  *                      not apply for avgs - all confidence intervals using T-distribution      ;
    240  *                      which already adjusts for small n                                                                       ;
    241  * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;       
     154 *      (Comments include rulse for Vital Statistics Counts and Rates(                          ;
     155 *  1. If denominator (popcount > 300)                                                                                  ;
     156 *      1a. If count <5                                                                                                                 ;
     157 *                      Suppress cells                                                                                                          ;
     158 *              1b. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                              ;
     159 *                      number in a cell less than 5 by  subtraction                                            ;
     160 *              Note: I think we just suppress everything in case #1a and 1b                    ;
     161 *              2. If count > 5 and < 20                                                                                                ;
     162 *                      Suprss rates, but compute counts                                                                        ;
     163 *              This would include rates like deaths per 100,000, low birth                     ;
     164 *              weight as % of live births, or ratios like maternal mortality           ;
     165 *              per 100 live births.                                                                                            ;
     166 *              if 20<=count<=100       (events between 20 and 100)                                                     ;
     167 *                      (according to Cody this does not apply for avgs??                                       ;
     168 *  2. If denominater (popcount < 300)                                                                                  ;
     169 *              2a. If count > 20                                                                                                               ;
     170 *                      Report count and rates with confidence intervals                                        ;
     171 *              2b. If count > 20                                                                                                               ;
     172 *                      Suppress rates and counts                                                                                       ;
     173 * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;
    242174 *     I have co-opted his method so I can use the MT logic for cell                    ;
    243175 *     suppression instead of the standard IBIS logic. And I need to use                ;
    … …  
    248180 *******************************************************************************;
    249181 
    250         data tmp;
    251           set tmp;
    252           n=count;  *ibis-q needs a count variable named 'n';
    253                
    254                
     182 **************** ASK LOIS ABOUT STDERR COMPUTATIONS ***************************;
     183
     184        data tmp;
     185                set rate;
     186                n=count;  *ibis-q needs a count variable named 'n';
     187
     188
    255189                if popcount>=300 then do;
    256                
    257                         *   Suppress cells if absolute count <5                                                         ;
     190
     191                        *   Suppress cells if absolute count <5 ;
    258192                       
    259193                        if 1<=count<5 then do;
    260                                 mean = .A;
    261                                 LL=put('**', 15.0);
    262                                 UL=put('**', 15.0);
     194                                mean=.A;
     195                                LL=.A;
     196                                UL=.A;
    263197                                redflag=put('Suppressed', $15.);
    264198                                n=.A;
    265199                        end;
    266                
    267                         *   do not compute rates based on fewer than 20 events, but provide counts;
     200
     201                                *   do not compute rates based on fewer than 20 events, but provide counts;
    268202                       
    269203                        if 5<=count<20 then do;
    270204                                mean=.A;
    271                                 LL=put('**', 15.0);
    272                                 UL=put('**', 15.0);
     205                                LL=.A;
     206                                UL=.A;
    273207                                redflag=put('Suppressed Rate', $16.);
    274208                        end;
    275209
    276                         if count=>20 then do;
    277                         * NOTE, According to CODY, since using T-distribution, no need to;
    278                         * Poisson, but need to check with MT       ;
     210                        if 20<=count<=100 then do;
     211                        * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
     212
     213                                t1= GAMINV(.025,count)/popcount*1000;
     214                                if (t1<0) then t1=0;
     215                                LL=put(t1, 8.2);
     216                                UL=put(( GAMINV(.975,count)/popcount*1000),8.2);
     217                        end;
     218
     219                        *  and normal approximation for more than 100 events. ;
     220                       
     221                        if count>100 then do;
     222                                t1=(mean-(1.96*stderr));
     223                                if (t1<0) then t1=0;
     224                                LL=put(t1, 8.2);
     225                                UL=put((mean+(1.96*stderr)), 8.2);
     226                                LL=compress(LL);
     227                                UL=compress(UL);
    279228                                redflag=put('-', $15.);
    280229                        end;
    … …  
    284233
    285234                        *  suppress if popcount <300 and count < 20 events.             ;
    286                         if count <20 then do;
     235               
     236                        if 1<=count<20 then do;
    287237                                mean=.A;
    288                                 LL=put('**', 15.0);
    289                                 UL=put('**', 15.0);
    290                                 redflag=put('Suppressed', $16.);
     238                                LL=.A;
     239                                UL=.A;
     240                                redflag=put('Suppressed', $15.);
    291241                                n=.A;
    292242                        end;
    293243                       
    294                         * report rate and n if popcount <300 and count >= 20 events.            ;
    295                         if count=>20 then do;
     244                       
     245                        * report rate and n if popcount <300 and count >= 20 events.    ;
     246
     247                        if 20<=count<=100 then do;
     248                        * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
     249
     250                                *mean=(rate*1000);
     251                                t1= GAMINV(.025,count)/popcount*1000;
     252                                if (t1<0) then t1=0;
     253                                LL=put(t1, 8.2);
     254                                UL=put(( GAMINV(.975,count)/popcount*1000),8.2);
     255                        end;
     256
     257                        *  and normal approximation for more than 100 events. ;
     258                       
     259                        if count>100 then do;
     260                                t1=(mean-(1.96*stderr));
     261                                if (t1<0) then t1=0;
     262                                LL=put(t1, 8.2);
     263                                UL=put((mean+(1.96*stderr)), 8.2);
     264                                LL=compress(LL);
     265                                UL=compress(UL);
    296266                                redflag=put('-', $15.);
    297267                        end;
    298268                end;
    299269               
    300                 if count<=0 then do;
    301                         redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance, n=0;
    302                         n=count;  *ibis-q needs a count variable named 'n';
     270                if count=0 then do;
     271                        mean=.A;
     272                        LL=.A;
     273                        UL=.A;
    303274                end;
    304                
    305         proc print data=tmp noobs;  title2 '6. TMP - final dataset to pass to IBIS View app';
     275
     276                if count<0 then do;
     277                        mean=0;
     278                        mean=.A;
     279                        LL=.A;
     280                        UL=.A;
     281                        redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance;
     282                end;
     283
     284        proc print data=tmp;  title2 '4. tmp again - output variables for the IBIS xml/map and Redflag and cell suppression';
    306285        run;
    307 
     286 
    308287--------BoNdArY--------
    309288# definition for output file
    … …  
    313292f out_detail lbl_not_used__see_xml_out_map_file
    314293  mean 15.2
    315   n 15.0
    316   LL 15.
    317   UL 15.
     294  n 15.2
     295  LL 15.2
     296  UL 15.2
    318297  redflag 16.0
    319298--------BoNdArY--------
    … …  
    333312--------BoNdArY--------
    3343131 suppressed_variables 4
    335   mean
    336   n
    337   LL
    338   UL
    339 --------BoNdArY--------
     314mean
     315n
     316LL
     317UL
     318--------BoNdArY--------

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/MT_Count_data_frame.def

    r19478 r19744  
    170170 *                                                                                                                                                              ;
    171171 * And Apply Montana specific Small numbers rules as follows                                    ;
    172  *  1. Suppress cells if absolute count <5                                                                              ;
    173  *  2. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                                   ;
    174  *        number in a cell less than 5 by  subtraction                                                          ;
    175  *              Note: I think we just suppress everything in case #2                                    ;
    176  *  3. do not compute rates based on fewer than 20 events.                                              ;
    177  *      This would include rates like deaths per 100,000, low birth                             ;
    178  *      weight as % of live births, or ratios like maternal mortality                   ;
    179  *      per 100 live births.                                                                                                    ;
    180  *              Note: for crude rates if 20 <=count<100 would use Poisson,                              ;
    181  *                      for computing confidence intervals but according to Cody this does      ;
    182  *                      not apply for avgs - all confidence intervals using T-distribution      ;
    183  *                      which already adjusts for small n                                                                       ;
    184  * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;       
     172 *      (Comments include rulse for Vital Statistics Counts and Rates(                          ;
     173 *  1. If denominator (popcount > 300)                                                                                  ;
     174 *      1a. If count <5                                                                                                                 ;
     175 *                      Suppress cells                                                                                                          ;
     176 *              1b. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                              ;
     177 *                      number in a cell less than 5 by  subtraction                                            ;
     178 *              Note: I think we just suppress everything in case #1a and 1b                    ;
     179 *              2. If count > 5 and < 20                                                                                                ;
     180 *                      Suprss rates, but compute counts                                                                        ;
     181 *              This would include rates like deaths per 100,000, low birth                     ;
     182 *              weight as % of live births, or ratios like maternal mortality           ;
     183 *              per 100 live births.                                                                                            ;
     184 *              if 20<=count<=100       (events between 20 and 100)                                                     ;
     185 *                      (according to Cody this does not apply for avgs??                                       ;
     186 *  2. If denominater (popcount < 300)                                                                                  ;
     187 *              2a. If count > 20                                                                                                               ;
     188 *                      Report count and rates with confidence intervals                                        ;
     189 *              2b. If count > 20                                                                                                               ;
     190 *                      Suppress rates and counts                                                                                       ;
     191 * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;
    185192 *     I have co-opted his method so I can use the MT logic for cell                    ;
    186193 *     suppression instead of the standard IBIS logic. And I need to use                ;
    … …  
    215222
    216223                        *  suppress if popcount <300 and count < 20 events.             ;
    217                         if count <20 then do;
     224                        if 1<=count<20 then do;
    218225                                n=.A;
    219226                                redflag=put('Suppressed', $16.);                       
    … …  
    226233                end;
    227234               
    228                 if count<=0 then do;
    229                         redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance, n=0;
    230                         n=count;  *ibis-q needs a count variable named 'n';
     235                if count<0 then do;
     236                        redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance;
    231237                end;
    232238               
    … …  
    253259--------BoNdArY--------
    2542601 suppressed_variables 1
    255 n
    256 --------BoNdArY--------
     261 n
     262--------BoNdArY--------

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/MT_Percentage_data_frame.def

    r10949 r19744  
    1 #NM_Percentage_data_frame.def
     1#MT_Percentage_data_frame.def
    22#Generic percentage .def file
    33#Uses %spvar1% in place of name of variable and the var level for percentage calculation [e.g., "bwtgp in (1 2)"]
    44#spvar1 is set in Module.xml file as a configuration parameter value
    55#MT_ version checks MT population data file for population size for cell suppression
    6 #MT_ version also calculate RSE and provides reliability_flag data
     6#MT_ version provides reliability_flag data
    77#
    88f type special
    … …  
    5757               
    5858        data new;
    59                 *length count 8;    *ZW put this in his ibisq code, so we don't need it here anymore.;
     59
    6060                merge frame tmp;   *must list frame dataset first, then tmp;
    6161                by %cross1%
    … …  
    8989 * IBIS does not need the population dataset to produce a percent.;
    9090 * The following code, through the end of the macro, is used to   ;
    91  * compute the RSE for the data stability indicator and to check  ;
    92  * the numerator and denominator counts for the cell suppression. ;
     91 * check numerator and denominator counts for cell suppression.   ;
    9392 *****************************************************************;
    9493        %let flag=0;
    … …  
    102101                proc summary data=poptmp;
    103102                        var popcount;
    104                         output out=pop sum=popnum;
     103                        output out=pop sum=popcount;
    105104                run;
    106105                proc sql;
    … …  
    117116                        output out=pop sum=popcount;
    118117                run;
    119                 data pop;
    120                         set pop;
    121                         rename
    122                         ?popcross1? %popcross1%=%cross1%
    123                         ?popcross2? %popcross2%=%cross2%
    124                         ;
    125                         drop _TYPE_ _FREQ_ ;
    126                         run;
    127                 proc sort data=pop;
    128                         ?popcross1? by %cross1%;
    129                         ?popcross2? by %cross2%;
    130                 run;
    131                 proc sort data=tmp;
    132                         ?popcross1? by %cross1%;
    133                         ?popcross2? by %cross2%;
    134                 run;
    135                 proc print data=pop noobs; title2 '3. POP - pop dataset'; run;
    136                 data rate;
    137                         merge tmp pop;
    138                         ?popcross1? by %cross1%;
    139                         ?popcross2? by %cross2%;
    140                 run;
     118                proc sql;
     119                        create table rate as
     120                        select tmp.*, pop.*
     121                        from tmp, pop
     122                        where
     123                        ?popcross1? tmp.%cross1%=pop.%popcross1%;
     124                        ?popcross2? tmp.%cross2%=pop.%popcross2%; 
     125                quit;
    141126        %end;
    142127
    … …  
    147132                        output out=pop sum=popcount;
    148133                run;
    149                 data pop;
    150                         set pop;
    151                         rename %popcross1%=%cross1%  %popcross2%=%cross2% ;
    152                         run;
    153                 proc sort data=pop;
    154                         by %cross1% %cross2%;
    155                 run;
    156                 proc sort data=tmp;
    157                         by %cross1% %cross2%;
    158                 run;
    159                 data rate;
    160                         merge tmp pop;
    161                         by %cross1% %cross2%
    162                         ;
    163                 run;
     134                proc sql;
     135                        create table rate as
     136                        select tmp.*, pop.*
     137                        from tmp, pop
     138                        where tmp.%cross1%=pop.%popcross1% and
     139                        tmp.%cross2%=pop.%popcross2%;
     140                quit;
    164141        %end;
    165142        %mend;
    166143        %popcross;
    167         proc print data=rate; title2 'rate'; run;
    168 
    169 ********************** 4. tmp, again Redflag and cell suppression *************;
     144        proc print data=rate noobs;  title2 '3. RATE - tmp merged with pop dataset';
     145
     146 ********************** 4. tmp, again Redflag and cell suppression *************;
    170147 * Create the output variables for the IBIS xml/map file.                                               ;
    171148 * Add Redflag                                                                                                                                  ;
    172  *              (redflag is the statistical stability indicator based on the                    ;
    173  *              relative standard error (RSE, or coefficient of variation).                     ;
    174  *              Redflag values created here are converted to images or special                  ;
     149 *              Redflag is used to describe why valuses have been suppressed                    ;
     150 *              Redflag values created here may be converted to images or special               ;
    175151 *              characters in IBIS-View application XSLTfiles, for instance:                    ;
    176152 *              (xslt\html\query\module\result\ResultPage.xslt, ...Values.xslt)                 ;
    177 
     153 *                                                                                                                                                              ;
    178154 * And Apply Montana specific Small numbers rules as follows                                    ;
    179  *  1. Suppress cells if absolute count <5                                                                              ;
    180  *  2. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                                   ;
    181  *        number in a cell less than 5 by  subtraction                                                          ;
    182  *              Note: I think we just suppress everything in case #2                                    ;
    183  *  3. do not compute rates based on fewer than 20 events.                                              ;
    184  *      This would include rates like deaths per 100,000, low birth                             ;
    185  *      weight as % of live births, or ratios like maternal mortality                   ;
    186  *      per 100 live births.                                                                                                    ;
    187  *  4. use Poisson exact computation of rates for 20 through 100                                ;
    188  *      events and normal approximation for more than 100 events.                               ;
    189  *  5. If RSE > .30 suppress output                                                                                             ;
    190  * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;       
     155 *      (Comments include rulse for Vital Statistics Counts and Rates(                          ;
     156 *  1. If denominator (popcount > 300)                                                                                  ;
     157 *      1a. If count <5                                                                                                                 ;
     158 *                      Suppress cells                                                                                                          ;
     159 *              1b. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                              ;
     160 *                      number in a cell less than 5 by  subtraction                                            ;
     161 *              Note: I think we just suppress everything in case #1a and 1b                    ;
     162 *              2. If count > 5 and < 20                                                                                                ;
     163 *                      Supress rates, but compute counts                                                                       ;
     164 *              This would include rates like deaths per 100,000, low birth                     ;
     165 *              weight as % of live births, or ratios like maternal mortality           ;
     166 *              per 100 live births.                                                                                            ;
     167 *              if 20<=count<=100       (events between 20 and 100)                                                     ;
     168 *                      (according to Cody this does not apply for avgs??                                       ;
     169 *  2. If denominater (popcount < 300)                                                                                  ;
     170 *              2a. If count > 20                                                                                                               ;
     171 *                      Report count and rates with confidence intervals                                        ;
     172 *              2b. If count < 20                                                                                                               ;
     173 *                      Suppress rates and counts                                                                                       ;
     174 * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;
    191175 *     I have co-opted his method so I can use the MT logic for cell                    ;
    192176 *     suppression instead of the standard IBIS logic. And I need to use                ;
    … …  
    199183        data tmp;
    200184                set rate;
     185                n=count;  *ibis-q needs a count variable named 'n';
    201186                rate=count/totalnum;
    202187
    203                 if count<=0 then do;
    204                         rateper=0;
    205                         stderr=sqrt((3/totalnum)*(1-(3/totalnum))/totalnum)*100;
    206                         redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance, n=0, rse=div by zero;
    207                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
     188                if popcount>=300 then do;
     189
     190                        *   Suppress cells if absolute count <5;
     191                       
     192                                       
     193                        if count=0 and 1<totalnum<5 then do;    * also need to test for count = 0, but # births (totalnum) < 5;
     194                                rateper=.;
     195                                LL=put('**', 15.0);
     196                                UL=put('**', 15.0);
     197                                redflag=put('Suppressed', $15.);
     198                        end;
     199                        else if count = 0 then do;
     200                                rateper=.;
     201                                LL=.;
     202                                UL=.;
     203                        end;
     204                        if 1<=count<5 then do;
     205                                rateper=.A;
     206                                LL=put('**', 15.0);
     207                                UL=put('**', 15.0);
     208                                totalnum=.A;
     209                                redflag=put('Suppressed', $15.);
     210                                n=.A;
     211                        end;
     212
     213                        *   do not compute rates based on fewer than 20 events, but provide counts;
     214                       
     215                        if 5<=count<20 then do;
     216                                rateper=.A;
     217                                LL=put('**', 15.0);
     218                                UL=put('**', 15.0);
     219                                redflag=put('Suppressed %', $16.);
     220                        end;
     221
     222                        if 20<=count<=100 then do;
     223                        * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
     224
     225                                rateper=(rate*100);
     226                                t1= GAMINV(.025,count)/totalnum*100;
     227                                if (t1<0) then t1=0;
     228                                LL=put(t1, 8.2);
     229                                UL=put(( GAMINV(.975,count)/totalnum*100),8.2);
     230                        end;
     231
     232                        *  and normal approximation for more than 100 events. ;
     233                       
     234                        if count>100 then do;
     235                                rateper=(rate*100);
     236                                stderr=sqrt(rate*(1-rate)/totalnum)*100;
     237                                t1=(rateper-(1.96*stderr));
     238                                if (t1<0) then t1=0;
     239                                LL=put(t1, 8.2);
     240                                UL=put((rateper+(1.96*stderr)), 8.2);
     241                                LL=compress(LL);
     242                                UL=compress(UL);
     243                                redflag=put('-', $15.);
     244                        end;
    208245                end;
    209 
    210                 *   Suppress cells if absolute count <5                                                         ;
    211                
    212                 if 1<=count<5 then do;
     246               
     247                if popcount<300 then do;
     248
     249                        *  suppress if popcount <300 and count < 20 events      ;
     250               
     251                        if count=0 then do;     * also need to test for count = 0, but # births (totalnum) < 20;
     252                                rateper=.;
     253                                LL=.;
     254                                UL=.;
     255                                if 1<=totalnum<20 then totalnum=.A;
     256                                redflag=put('Suppressed', $15.);
     257                        end;
     258                       
     259                        if 1<=count<20 then do;
     260                                rateper=.A;
     261                                LL=put('**', 15.0);
     262                                UL=put('**', 15.0);
     263                                totalnum=.A;
     264                                redflag=put('Suppressed', $15.);
     265                                n=.A;
     266                        end;
     267                       
     268                       
     269                        * report rate and n if popcount <300 and count >= 20 events.    ;
     270
     271                        if 20<=count<=100 then do;
     272                        * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
     273
     274                                rateper=(rate*100);
     275                                t1= GAMINV(.025,count)/totalnum*100;
     276                                if (t1<0) then t1=0;
     277                                LL=put(t1, 8.2);
     278                                UL=put(( GAMINV(.975,count)/totalnum*100),8.2);
     279                        end;
     280
     281                        *  and normal approximation for more than 100 events. ;
     282                       
     283                        if count>100 then do;
     284                                rateper=(rate*100);
     285                                stderr=sqrt(rate*(1-rate)/totalnum)*100;
     286                                t1=(rateper-(1.96*stderr));
     287                                if (t1<0) then t1=0;
     288                                LL=put(t1, 8.2);
     289                                UL=put((rateper+(1.96*stderr)), 8.2);
     290                                LL=compress(LL);
     291                                UL=compress(UL);
     292                                redflag=put('-', $15.);
     293                        end;
     294                end;
     295               
     296                if count=0 then do;
     297                        rateper=.;
     298                        LL=.;
     299                        UL=.;
     300                        totalnum=.A;
     301                end;
     302               
     303                if count<0 then do;
    213304                        rateper=.A;
    214305                        LL=.A;
    215306                        UL=.A;
    216                         redflag=put('Suppressed', $15.);
    217                         n=.A;   *ibis-q needs a count variable named 'n';
     307                        totalnum=.A;
     308                        redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance;
    218309                end;
    219310
    220                 *   do not compute rates based on fewer than 20 events.                         ;
    221                
    222                 if 5<=count<20 then do;
    223                         rateper=.A;
    224                         LL=.A;
    225                         UL=.A;
    226                         redflag=put('Suppressed Rate', $16.);
    227                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    228                 end;
    229 
    230                 * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
    231 
    232                 if 20<=count<=100 then do;
    233                         rateper=(rate*100);
    234                         t1= GAMINV(.025,count)/totalnum*100;
    235                         if (t1<0) then t1=0;
    236                         LL=put(t1, 8.2);
    237                         UL=put(( GAMINV(.975,count)/totalnum*100),8.2);
    238                         /* RSE formula for Poisson - See http://health.utah.gov/opha/IBIShelp/DataSuppression.pdf  */;
    239                         /* RSE=1/(sqrt(count))equiv to next line as per Cody                                    */;
    240                         rse=sqrt(100/(totalnum*rateper)) ;
    241                         redflag=put('-', $15.);
    242                         if rse>.3 then do;
    243                                 redflag=put('Unstable', $15.);
    244                                 rateper=.A;
    245                                 LL=.A;
    246                                 UL=.A;
    247                         end;
    248                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    249                 end;
    250 
    251                 *  and normal approximation for more than 100 events.                           ;
    252                
    253                 if count>100 then do;
    254                         rateper=(rate*100);
    255                         stderr=sqrt(rate*(1-rate)/totalnum)*100;
    256                         t1=(rateper-(1.96*stderr));
    257                         if (t1<0) then t1=0;
    258                         LL=put(t1, 8.2);
    259                         UL=put((rateper+(1.96*stderr)), 8.2);
    260                         LL=compress(LL);
    261                         UL=compress(UL);
    262                         rse=(stderr/rateper);
    263                         redflag=put('-', $15.);
    264                         if rse>.3 then do;
    265                                 redflag=put('Unstable', $15.);
    266                                 rateper=.A;
    267                                 LL=.A;
    268                                 UL=.A;
    269                         end;
    270                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    271                 end;
    272311        proc print data=tmp;  title2 '4. tmp again - output variables for the IBIS xml/map and Redflag and cell suppression';
    273312        run;
    274313 
    275314--------BoNdArY--------
     315# definition for output file
    276316f out_variable rateper
    277 # definition for output file
    278317f xml_out_map_file XMLPercentNumerDenomLCLUCL.map
    279318--------BoNdArY--------
    280319f out_detail lbl_not_used__see_xml_out_map_file
    281   rateper 8.2
     320  rateper 15.2
    282321  n 15.0
    283322  totalnum 15.0
    284   LL 8.2
    285   UL 8.2
    286   redflag 15.0
    287 --------BoNdArY--------
     323  LL 15.2
     324  UL 15.2
     325  redflag 16.0
     326--------BoNdArY--------
     327 
     328 ****************** 5. SUPPRESSED VARIABLES *************************;
     329 * ZW-s CGI program must be told how many variables it will need to  ;
     330 * suppress and which ones they are. NOTE: If the SAS code, above, is;
     331 * commented out, these lines can be left in the .def file without   ;
     332 * causing any problems. They will only be used if the SAS code,     ;
     333 * above is active, OR if the small_num and small_pop parameters     ;
     334 * are active in the .CFG file, and with non-zero values.            ;
     335 ********************************************************************;
    288336--------BoNdArY--------
    2893371 suppressed_variables 5
    290 rateper
    291 percentvar
    292 n
    293 LL
    294 UL
    295 --------BoNdArY--------
     338  rateper
     339  totalnum
     340  n
     341  LL
     342  UL
     343--------BoNdArY--------

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/MT_RateCrude1K_data_frame.def

    r19478 r19744  
    135135        %mend;
    136136        %popcross;
    137         proc print data=rate noobs;  title2 '3. RATE - tmp merged with pop dataset';
     137        proc print data=rate noobs;  title2 '3. RATE - tmp merged with pop dataset';
     138        run;
    138139
    139140 ********************** 4. tmp, again Redflag and cell suppression *************;
    … …  
    146147 *                                                                                                                                                              ;
    147148 * And Apply Montana specific Small numbers rules as follows                                    ;
    148  *  1. Suppress cells if absolute count <5                                                                              ;
    149  *  2. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                                   ;
    150  *        number in a cell less than 5 by  subtraction                                                          ;
    151  *              Note: I think we just suppress everything in case #2                                    ;
    152  *  3. do not compute rates based on fewer than 20 events.                                              ;
    153  *      This would include rates like deaths per 100,000, low birth                             ;
    154  *      weight as % of live births, or ratios like maternal mortality                   ;
    155  *      per 100 live births.                                                                                                    ;
    156  *  4. use Poisson exact computation of rates for 20 through 100                                ;
    157  *      events and normal approximation for more than 100 events.                               ;
    158  *  5. If RSE > .30 suppress output                                                                                             ;
    159  * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;       
    160  *     I have co-opted his method so I can use the MT logic for cell                    ;
    161  *     suppression instead of the standard IBIS logic. And I need to use                ;
    162  *     ZWs program because it will suppress the table marginals that can                ;
    163  * be used to calculate the suppressed cells. If this code is used,                             ;
    164  *     the .def file should have the MT_ prefix. Needs suppressed_variables     ;
    165  * code at the end of this file to work.                                                                                ;
     149 *      (Comments include rulse for Vital Statistics Counts and Rates(                          ;
     150 *  1. If denominator (popcount > 300)                                                                                  ;
     151 *      1a. If count <5                                                                                                                 ;
     152 *                      Suppress cells                                                                                                          ;
     153 *              1b. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                              ;
     154 *                      number in a cell less than 5 by  subtraction                                            ;
     155 *              Note: I think we just suppress everything in case #1a and 1b                    ;
     156 *              2. If count > 5 and < 20                                                                                                ;
     157 *                      Supress rates, but compute counts                                                                       ;
     158 *              This would include rates like deaths per 100,000, low birth                     ;
     159 *              weight as % of live births, or ratios like maternal mortality           ;
     160 *              per 100 live births.                                                                                            ;
     161 *              if 20<=count<=100       (events between 20 and 100)                                                     ;
     162 *                      (according to Cody this does not apply for avgs??                                       ;
     163 *  2. If denominater (popcount < 300)                                                                                  ;
     164 *              2a. If count > 20                                                                                                               ;
     165 *                      Report count and rates with confidence intervals                                        ;
     166 *              2b. If count > 20                                                                                                               ;
     167 *                      Suppress rates and counts                                                                                       ;
     168 * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;
     169 * ZWs program suppresses the table marginals that can be used to calculate             ;
     170 *      the suppressed cell values                                                                                                      ;
     171 *I have turned that off in the .cfg file with the following command                    ;
     172 *      d suppress_rule skip                                                                                                            ;
     173 *I think this stops .A from working so I need to use put to put in **, etc             ;
     174 *We will have to see how it affects calulating suppressed cells by using               ;
     175 *      table marginals                                                                                                                         ;
    166176 *******************************************************************************;
    167177
    … …  
    171181                rate=count/popcount;
    172182
    173 
    174183                if popcount>=300 then do;
    175 
    176                         *   Suppress cells if absolute count <5                                                         ;
     184               
     185                        if count=0 then do;
     186                                rateper=.A;
     187                                LL=.A;
     188                                UL=.A;
     189                        end;
     190                        *   Suppress cells if absolute count <5;
    177191                       
    178192                        if 1<=count<5 then do;
    179193                                rateper=.A;
    180                                 LL=put('**', 15.0);
    181                                 UL=put('**', 15.0);
     194                                LL=.A;
     195                                UL=.A;
    182196                                redflag=put('Suppressed', $15.);
    183197                                n=.A;
    184198                        end;
    185199
    186                                 *   do not compute rates based on fewer than 20 events, but provide counts;
     200                        *   do not compute rates based on fewer than 20 events, but provide counts;
    187201                       
    188202                        if 5<=count<20 then do;
    189203                                rateper=.A;
    190                                 LL=put('**', 15.0);
    191                                 UL=put('**', 15.0);
     204                                LL=.A;
     205                                UL=.A;
    192206                                redflag=put('Suppressed Rate', $16.);
    193207                        end;
    … …  
    214228                                LL=compress(LL);
    215229                                UL=compress(UL);
    216                                 rse=(stderr/rateper);
    217230                                redflag=put('-', $15.);
    218231                        end;
    … …  
    220233               
    221234                if popcount<300 then do;
    222 
     235               
     236                        if count=0 and popcount <20 then do;
     237                                rateper=.A;
     238                                LL=.A;
     239                                UL=.A;
     240                                popcount=.A;
     241                                redflag=put('Suppressed', $15.);
     242                        end;
     243                        else if count=0 then do;
     244                                rateper=.A;
     245                                LL=.A;
     246                                UL=.A;
     247                        end;
    223248                        *  suppress if popcount <300 and count < 20 events.             ;
    224249               
    225                         if count <20 then do;
    226                                 rateper=.A;
    227                                 LL=put('**', 15.0);
    228                                 UL=put('**', 15.0);
     250                        if 1<=count<20 then do;
     251                                rateper=.A;
     252                                LL=.A;
     253                                UL=.A;
    229254                                redflag=put('Suppressed', $15.);
    230255                                n=.A;
    231256                        end;
    232                        
    233257                       
    234258                        * report rate and n if popcount <300 and count >= 20 events.    ;
    … …  
    255279                                LL=compress(LL);
    256280                                UL=compress(UL);
    257                                 rse=(stderr/rateper);
    258281                                redflag=put('-', $15.);
    259282                        end;
    260283                end;
    261284
    262                 if count<=0 then do;
    263                         rateper=0;
    264                         stderr=sqrt((3/popcount)*(1-(3/popcount))/popcount)*1000;
    265                
    266                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
     285                if count<0 then do;
    267286                        rateper=.A;
    268287                        LL=.A;
    269288                        UL=.A;
    270                                 redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance, n=0, rse=div by zero;         
     289                        redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance;
    271290                end;
    272291
    … …  
    288307--------BoNdArY--------
    289308 
    290  ****************** 7. SUPPRESSED VARIABLES *************************;
     309 ****************** 5. SUPPRESSED VARIABLES *************************;
    291310 * ZW-s CGI program must be told how many variables it will need to  ;
    292311 * suppress and which ones they are. NOTE: If the SAS code, above, is;
    … …  
    297316 ********************************************************************;
    298317--------BoNdArY--------
    299 1 suppressed_variables 4
    300   rateper
    301   n
    302   LL
    303   UL
    304 --------BoNdArY--------
     3181 suppressed_variables 5
     319rateper
     320n
     321popcount
     322LL
     323UL
     324--------BoNdArY--------

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/MT_TotalFertRate.def

    r10949 r19744  
    6767run;
    6868 
     69data tmp;
     70  set rate;
     71  ?cross1? if (%cross1%^=.);
     72  ?cross2? if (%cross2%^=.);
     73  ?cross1? if (%cross1%=-99) then %cross1%=.;
     74  ?cross2? if (%cross2%=-99) then %cross2%=.;
     75proc print data=tmp; title 'before final'; run;
     76
    6977 ********************** 4. tmp, again Redflag and cell suppression *************;
    7078 * Create the output variables for the IBIS xml/map file.                                               ;
    7179 * Add Redflag                                                                                                                                  ;
    7280 *              (redflag is the statistical stability indicator based on the                    ;
    73  *              relative standard error (RSE, or coefficient of variation).                     ;
    7481 *              Redflag values created here are converted to images or special                  ;
    7582 *              characters in IBIS-View application XSLTfiles, for instance:                    ;
    7683 *              (xslt\html\query\module\result\ResultPage.xslt, ...Values.xslt)                 ;
    77 
     84 *                                                                                                                                                              ;
    7885 * And Apply Montana specific Small numbers rules as follows                                    ;
    79  *  1. Suppress cells if absolute count <5                                                                              ;
    80  *  2. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                                   ;
    81  *        number in a cell less than 5 by  subtraction                                                          ;
    82  *              Note: I think we just suppress everything in case #2                                    ;
    83  *  3. do not compute rates based on fewer than 20 events.                                              ;
    84  *      This would include rates like deaths per 100,000, low birth                             ;
    85  *      weight as % of live births, or ratios like maternal mortality                   ;
    86  *      per 100 live births.                                                                                                    ;
    87  *  4. use Poisson exact computation of rates for 20 through 100                                ;
    88  *      events and normal approximation for more than 100 events.                               ;
    89  *  5. If RSE > .30 suppress output                                                                                             ;
    90  * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;       
     86 *      (Comments include rulse for Vital Statistics Counts and Rates(                          ;
     87 *  1. If denominator (popcount > 300)                                                                                  ;
     88 *      1a. If count <5                                                                                                                 ;
     89 *                      Suppress cells                                                                                                          ;
     90 *              1b. Suppress complimentarty cells if you can arrive at the                              ;
     91 *                      number in a cell less than 5 by  subtraction                                            ;
     92 *              Note: I think we just suppress everything in case #1a and 1b                    ;
     93 *              2. If count > 5 and < 20                                                                                                ;
     94 *                      Supress rates, but compute counts                                                                       ;
     95 *              This would include rates like deaths per 100,000, low birth                     ;
     96 *              weight as % of live births, or ratios like maternal mortality           ;
     97 *              per 100 live births.                                                                                            ;
     98 *              if 20<=count<=100       (events between 20 and 100)                                                     ;
     99 *                      (according to Cody this does not apply for avgs??                                       ;
     100 *  2. If denominater (popcount < 300)                                                                                  ;
     101 *              2a. If count > 20                                                                                                               ;
     102 *                      Report count and rates with confidence intervals                                        ;
     103 *              2b. If count > 20                                                                                                               ;
     104 *                      Suppress rates and counts                                                                                       ;
     105 * ZW-s program uses ".A" to identify cells for suppression.                            ;
    91106 *     I have co-opted his method so I can use the MT logic for cell                    ;
    92107 *     suppression instead of the standard IBIS logic. And I need to use                ;
    … …  
    96111 * code at the end of this file to work.                                                                                ;
    97112 *******************************************************************************;
    98 data tmp;
    99   set rate;
    100 
    101                 if count<=0 then do;
     113 
     114        data tmp;
     115                set tmp;
     116                n=count;  *ibis-q needs a count variable named 'n';
     117                rate=count/popcount;
     118
     119
     120                if popcount>=300 then do;
     121
     122                        *   Suppress cells if absolute count <5                                                         ;
     123                       
     124                        if 1<=count<5 then do;
     125                                rateper=.A;
     126                                LL=put('**', 15.0);
     127                                UL=put('**', 15.0);
     128                                redflag=put('Suppressed', $15.);
     129                                n=.A;
     130                        end;
     131
     132                        *   do not compute rates based on fewer than 20 events, but provide counts;
     133                       
     134                        if 5<=count<20 then do;
     135                                rateper=.A;
     136                                LL=put('**', 15.0);
     137                                UL=put('**', 15.0);
     138                                redflag=put('Suppressed Rate', $16.);
     139                        end;
     140
     141                        if 20<=count<=100 then do;
     142                        * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
     143
     144                                rateper=(rate*1000);
     145                                t1= GAMINV(.025,count)/popcount*1000;
     146                                if (t1<0) then t1=0;
     147                                LL=put(t1, 8.2);
     148                                UL=put(( GAMINV(.975,count)/popcount*1000),8.2);
     149                        end;
     150
     151                        *  and normal approximation for more than 100 events. ;
     152                       
     153                        if count>100 then do;
     154                                rateper=(rate*1000);
     155                                stderr=sqrt(rate*(1-rate)/popcount)*1000;
     156                                t1=(rateper-(1.96*stderr));
     157                                if (t1<0) then t1=0;
     158                                LL=put(t1, 8.2);
     159                                UL=put((rateper+(1.96*stderr)), 8.2);
     160                                LL=compress(LL);
     161                                UL=compress(UL);
     162                                redflag=put('-', $15.);
     163                        end;
     164                end;
     165               
     166                if popcount<300 then do;
     167
     168                        *  suppress if popcount <300 and count < 20 events.             ;
     169               
     170                        if 1<=count<20 and popcount <20 then
     171                                do;
     172                                        rateper=.A;
     173                                        LL=put('**', 15.0);
     174                                        UL=put('**', 15.0);
     175                                        n=.A;
     176                                        popcount=.A;
     177                                        redflag=put('Suppressed', $15.);
     178                                end;
     179                        else if 1<=count<20 then
     180                                do;
     181                                        rateper=.A;
     182                                        LL=put('**', 15.0);
     183                                        UL=put('**', 15.0);
     184                                        n=.A;
     185                                        popcount=.A;
     186                                        redflag=put('Suppressed', $15.);
     187                                end;
     188                       
     189                        * report rate and n if popcount <300 and count >= 20 events.    ;
     190
     191                        if 20<=count<=100 then do;
     192                        * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
     193
     194                                rateper=(rate*1000);
     195                                t1= GAMINV(.025,count)/popcount*1000;
     196                                if (t1<0) then t1=0;
     197                                LL=put(t1, 8.2);
     198                                UL=put(( GAMINV(.975,count)/popcount*1000),8.2);
     199                        end;
     200
     201                        *  and normal approximation for more than 100 events. ;
     202                       
     203                        if count>100 then do;
     204                                rateper=(rate*1000);
     205                                stderr=sqrt(rate*(1-rate)/popcount)*1000;
     206                                t1=(rateper-(1.96*stderr));
     207                                if (t1<0) then t1=0;
     208                                LL=put(t1, 8.2);
     209                                UL=put((rateper+(1.96*stderr)), 8.2);
     210                                LL=compress(LL);
     211                                UL=compress(UL);
     212                                redflag=put('-', $15.);
     213                        end;
     214                end;
     215
     216                if count<0 then do;
    102217                        rateper=0;
    103218                        stderr=sqrt((3/popcount)*(1-(3/popcount))/popcount)*1000;
    104                         redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance, n=0, rse=div by zero;
    105                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    106                 end;
    107 
    108                 *   Suppress cells if absolute count <5                                                         ;
    109                
    110                 if 1<=count<5 then do;
    111219                        rateper=.A;
    112220                        LL=.A;
    113221                        UL=.A;
    114                         redflag=put('Suppressed', $15.);
    115                         n=.A;   *ibis-q needs a count variable named 'n';
     222                        redflag=put('No Variance', $15.);  *no variance;
    116223                end;
    117224
    118                 *   do not compute rates based on fewer than 20 events.                         ;
    119                
    120                 if 5<=count<20 then do;
    121                         rateper=.A;
    122                         LL=.A;
    123                         UL=.A;
    124                         redflag=put('Suppressed Rate', $16.);
    125                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    126                 end;
    127 
    128                 * for events between 20 and 100, use Poisson to calculate confidence intervals;
    129 
    130                 if 20<=count<=100 then do;
    131                         rateper=(rate*1000);
    132                         t1= GAMINV(.025,count)/popcount*1000;
    133                         if (t1<0) then t1=0;
    134                         LL=put(t1, 8.2);
    135                         UL=put(( GAMINV(.975,count)/popcount*1000),8.2);
    136                         /* RSE formula for Poisson - See http://health.utah.gov/opha/IBIShelp/DataSuppression.pdf  */;
    137                         /* RSE=1/(sqrt(count))equiv to next line as per Cody                                    */;
    138                         rse=sqrt(1000/(popcount*rateper)) ;
    139                         redflag=put('-', $15.);
    140                         if rse>.3 then do;
    141                                 redflag=put('Unstable', $15.);
    142                                 rateper=.A;
    143                                 LL=.A;
    144                                 UL=.A;
    145                         end;
    146                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    147                 end;
    148 
    149                 *  and normal approximation for more than 100 events.                           ;
    150                
    151                 if count>100 then do;
    152                         rateper=(rate*1000);
    153                         stderr=sqrt(rate*(1-rate)/popcount)*1000;
    154                         t1=(rateper-(1.96*stderr));
    155                         if (t1<0) then t1=0;
    156                         LL=put(t1, 8.2);
    157                         UL=put((rateper+(1.96*stderr)), 8.2);
    158                         LL=compress(LL);
    159                         UL=compress(UL);
    160                         rse=(stderr/rateper);
    161                         redflag=put('-', $15.);
    162                         if rse>.3 then do;
    163                                 redflag=put('Unstable', $15.);
    164                                 rateper=.A;
    165                                 LL=.A;
    166                                 UL=.A;
    167                         end;
    168                         n=count;        *ibis-q needs a count variable named 'n';
    169                 end;
    170 
    171                 rateper=rateper*5;
    172           LL=LL*5;
    173           UL=UL*5;
    174           ?cross1? if (%cross1%=-99) then %cross1%=.;
    175           ?cross2? if (%cross2%=-99) then %cross2%=.;
    176 
     225        proc print data=tmp;  title2 '4. tmp again - output variables for the IBIS xml/map and Redflag and cell suppression';
    177226        run;
    178         proc print; title2 'final'; run;
    179 
    180 --------BoNdArY--------
     227 
     228--------BoNdArY--------
     229# definition for output file
    181230f out_variable rateper
    182 #################################################
    183 # definition for output file
    184231f xml_out_map_file XMLRateNumerDenomLCLUCL.map
    185232--------BoNdArY--------
    186 f out_detail lbl_not_used__see_xml_out_map_file
    187 rateper 15.4
    188 n 15.0
    189 popcount 15.0
    190 LL 15.4
    191 UL 15.4
    192 redflag 15.0
    193 --------BoNdArY--------
     233f out_detail lbl_not_used__see_xml_out_map_file
     234  rateper 15.2
     235  n 15.0
     236  popcount 15.0
     237  LL 15.2
     238  UL 15.2
     239  redflag 16.0
     240--------BoNdArY--------
     241 
     242 ****************** 5. SUPPRESSED VARIABLES *************************;
     243 * ZW-s CGI program must be told how many variables it will need to  ;
     244 * suppress and which ones they are. NOTE: If the SAS code, above, is;
     245 * commented out, these lines can be left in the .def file without   ;
     246 * causing any problems. They will only be used if the SAS code,     ;
     247 * above is active, OR if the small_num and small_pop parameters     ;
     248 * are active in the .CFG file, and with non-zero values.            ;
     249 ********************************************************************;
    194250--------BoNdArY--------
    1952511 suppressed_variables 4
    196252  rateper
    197253  n
     254  popcount
    198255  LL
    199256  UL
    … …  
    201258
    202259
     260

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/_Birth18.cfg.linux

    r19478 r19744  
    4747#r small_num 5
    4848#r small_pop 0
    49 d suppress_rule skip
     49#d suppress_rule skip
    5050#############################################################################
    5151#value name_sas name_html name_pop prompt type1 type2 length   

  • adopters/mt/trunk/src/main/backend_qModules/birth23/_Birth18.cfg.windows

    r19478 r19744  
    4646#r small_num 5
    4747#r small_pop 0
    48 d suppress_rule skip
     48#d suppress_rule skip
    4949#############################################################################
    5050#value name_sas name_html name_pop prompt type1 type2 length   
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.