source: main/adopters/nm/trunk/src/main/webapps/nmibis-content/xml/query/module/idepi/COVID19CntyTestPositivity.xml @ 21475

Last change on this file since 21475 was 21475, checked in by LoisHaggard_NM, 8 weeks ago

nmibis-content idepi COVID queries

File size: 10.3 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
2
3<QUERY_MODULE xmlns:ibis="http://www.ibisph.org">
4
5        <NAME>COVID19CntyTestPositivity</NAME>
6        <TITLE>New Mexico COVID-19 Data</TITLE>
7        <DESCRIPTION>Queries infectious disease data from NMEDSS.</DESCRIPTION>
8        <VERSION>Aug 28, 2020</VERSION>
9        <KEYWORDS>communicable disease, infectious disease, notifiable diseases, epidemiology, New Mexcio</KEYWORDS>
10        <ORG_UNIT_NAME>ID_EPI</ORG_UNIT_NAME>
11
12        <PARAMETERS>
13                <PARAMETER>
14                        <NAME>config</NAME>
15                        <VALUE>E:\ibisq\qModules30\idepi\_COVID19TestPositivity.cfg</VALUE>
16                </PARAMETER>
17                <PARAMETER>
18                        <NAME>sas</NAME>
19                        <VALUE>0</VALUE>
20                </PARAMETER>
21                <PARAMETER>
22                        <NAME>test</NAME>
23                        <VALUE>0</VALUE>
24                </PARAMETER>
25        </PARAMETERS>
26
27        <QUERY_CONFIGURATION_SELECTION>
28                <LOCAL_URL>query/selection/idepi/_COVIDSelection.html</LOCAL_URL>
29                <TITLE>Infectious Disease Measures</TITLE>
30        </QUERY_CONFIGURATION_SELECTION>
31
32        <QUERY_APPLICATION_REQUEST_ADD_NON_FILTERED_GROUP_BY_DIMENSION_VALUES_FLAG/>
33        <QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>post</QUERY_APPLICATION_HTTP_REQUEST_TYPE>
34
35        <CONFIGURATIONS>
36
37                <CONFIGURATION><NAME>PctPositive</NAME>
38                        <TITLE>Percentage of Tests that were Positive</TITLE>
39                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
40                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
41                        <DEFAULT_MAP_NAME>DEFAULT_YelBluPur</DEFAULT_MAP_NAME>
42                        <MEASURE_NAME>PctDesirableLow</MEASURE_NAME>
43                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Test Positivity</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
44                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
45                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
46                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
47                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
48                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
49                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
50                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
51                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
52                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
53                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Tests/Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
54                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
55                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
56                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
57                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Plus Negative Tests</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
58                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
59                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
60                        <PARAMETERS>
61                                <PARAMETER>
62                                        <NAME>func</NAME>
63                                        <VALUE>NM_TestPositivity.def</VALUE>
64                                </PARAMETER>
65                                <PARAMETER>
66                                        <NAME>spvar1</NAME>
67                                        <VALUE>*no date filter for cases;</VALUE>
68                                </PARAMETER>
69                                <PARAMETER>
70                                        <NAME>spvar2</NAME>
71                                        <VALUE>*no date filter for tests;</VALUE>
72                                </PARAMETER>
73                        </PARAMETERS>
74                        <CRITERIA>
75                                <EXCLUDE/>
76                        </CRITERIA>
77                        <DATA_NOTES>
78                                <ibis:include href="data_note/Detainees.xml"/>
79                                <ibis:include href="data_note/TestPositivity.xml"/>
80                        </DATA_NOTES>
81                        <DATA_SOURCE_NAMES>
82                                <DATA_SOURCE_NAME>NMEDSS</DATA_SOURCE_NAME>
83                        </DATA_SOURCE_NAMES>
84                        <DATA_ISSUES>
85                        </DATA_ISSUES>
86                </CONFIGURATION>
87
88                <CONFIGURATION><NAME>PctPosPrev7</NAME>
89                        <TITLE>Percentage of Tests that were Positive: Previous 7 Days</TITLE>
90                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
91                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
92                        <DEFAULT_MAP_NAME>DEFAULT_YelBluPur</DEFAULT_MAP_NAME>
93                        <MEASURE_NAME>PctDesirableLow</MEASURE_NAME>
94                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Test Positivity</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
95                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
96                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
97                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
98                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
99                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
100                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
101                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
102                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
103                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
104                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Tests/Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
105                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
106                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
107                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
108                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Plus Negative Tests</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
109                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
110                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
111                        <PARAMETERS>
112                                <PARAMETER>
113                                        <NAME>func</NAME>
114                                        <VALUE>NM_TestPositivity.def</VALUE>
115                                </PARAMETER>
116                                <PARAMETER>
117                                        <NAME>spvar1</NAME>
118                                        <VALUE>if (invcreatedate&gt;=(TODAY()-7) and invcreatedate&lt;TODAY() );</VALUE>
119                                </PARAMETER>
120                                <PARAMETER>
121                                        <NAME>spvar2</NAME>
122                                        <VALUE>if (_DT_LAB_ADDED&gt;=TODAY()-7 and _DT_LAB_ADDED&lt;TODAY() and _SPECIMEN_COLL_DT&gt;=_DT_LAB_ADDED-14);</VALUE>
123                                </PARAMETER>
124                        </PARAMETERS>
125                        <CRITERIA>
126                                <EXCLUDE/>
127                        </CRITERIA>
128                        <DATA_NOTES>
129                                <ibis:include href="data_note/Detainees.xml"/>
130                                <ibis:include href="data_note/TestPositivity.xml"/>
131                        </DATA_NOTES>
132                        <DATA_SOURCE_NAMES>
133                                <DATA_SOURCE_NAME>NMEDSS</DATA_SOURCE_NAME>
134                        </DATA_SOURCE_NAMES>
135                        <DATA_ISSUES>
136                        </DATA_ISSUES>
137                </CONFIGURATION>
138
139                <CONFIGURATION><NAME>PctPosPrev14</NAME>
140                        <TITLE>Percentage of Tests that were Positive: Previous 14 Days</TITLE>
141                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
142                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
143                        <DEFAULT_MAP_NAME>DEFAULT_YelBluPur</DEFAULT_MAP_NAME>
144                        <MEASURE_NAME>PctDesirableLow</MEASURE_NAME>
145                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Test Positivity</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
146                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
147                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
148                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
149                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
150                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
151                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
152                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
153                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
154                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
155                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Tests/Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
156                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
157                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
158                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
159                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Plus Negative Tests</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
160                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
161                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
162                        <PARAMETERS>
163                                <PARAMETER>
164                                        <NAME>func</NAME>
165                                        <VALUE>NM_TestPositivity.def</VALUE>
166                                </PARAMETER>
167                                <PARAMETER>
168                                        <NAME>spvar1</NAME>
169                                        <VALUE>if (invcreatedate&gt;=(TODAY()-14) and invcreatedate&lt;TODAY() );</VALUE>
170                                </PARAMETER>
171                                <PARAMETER>
172                                        <NAME>spvar2</NAME>
173                                        <VALUE>if (_DT_LAB_ADDED&gt;=TODAY()-14 and _DT_LAB_ADDED&lt;TODAY() and _SPECIMEN_COLL_DT&gt;=_DT_LAB_ADDED-14);</VALUE>
174                                </PARAMETER>
175                        </PARAMETERS>
176                        <CRITERIA>
177                                <EXCLUDE/>
178                        </CRITERIA>
179                        <DATA_NOTES>
180                                <ibis:include href="data_note/Detainees.xml"/>
181                                <ibis:include href="data_note/TestPositivity.xml"/>
182                        </DATA_NOTES>
183                        <DATA_SOURCE_NAMES>
184                                <DATA_SOURCE_NAME>NMEDSS</DATA_SOURCE_NAME>
185                        </DATA_SOURCE_NAMES>
186                        <DATA_ISSUES>
187                        </DATA_ISSUES>
188                </CONFIGURATION>
189
190                <CONFIGURATION><NAME>PctPosPrior14</NAME>
191                        <TITLE>Percentage of Tests that were Positive: Between 28 and 14 Days Ago</TITLE>
192                        <DESCRIPTION>Number of cases</DESCRIPTION>
193                        <DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>GeoProxy</DEFAULT_CATEGORY_DIMENSION_NAME>
194                        <DEFAULT_MAP_NAME>DEFAULT_YelBluPur</DEFAULT_MAP_NAME>
195                        <MEASURE_NAME>PctDesirableLow</MEASURE_NAME>
196                        <MEASURE_TITLE_OVERRIDE>Test Positivity</MEASURE_TITLE_OVERRIDE>
197                        <DATASET_ANCILLARY_VALUES>
198                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
199                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>LowerConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
200                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
201                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
202                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>UpperConfidenceLimit</ANCILLARY_VALUE_NAME>
203                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
204                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
205                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Numerator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
206                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Tests/Cases</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
207                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
208                                <DATASET_ANCILLARY_VALUE>
209                                        <ANCILLARY_VALUE_NAME>Denominator</ANCILLARY_VALUE_NAME>
210                                        <ANCILLARY_VALUE_LABEL>Number of Positive Plus Negative Tests</ANCILLARY_VALUE_LABEL>
211                                </DATASET_ANCILLARY_VALUE>
212                        </DATASET_ANCILLARY_VALUES>
213                        <PARAMETERS>
214                                <PARAMETER>
215                                        <NAME>func</NAME>
216                                        <VALUE>NM_TestPositivity.def</VALUE>
217                                </PARAMETER>
218                                <PARAMETER>
219                                        <NAME>spvar1</NAME>
220                                        <VALUE>if (invcreatedate&gt;=(TODAY()-28) and invcreatedate&lt;TODAY()-14 );</VALUE>
221                                </PARAMETER>
222                                <PARAMETER>
223                                        <NAME>spvar2</NAME>
224                                        <VALUE>if (_DT_LAB_ADDED&gt;=TODAY()-28 and _DT_LAB_ADDED&lt;TODAY()-14 and _SPECIMEN_COLL_DT&gt;=_DT_LAB_ADDED-14);</VALUE>
225                                </PARAMETER>
226                        </PARAMETERS>
227                        <CRITERIA>
228                                <EXCLUDE/>
229                        </CRITERIA>
230                        <DATA_NOTES>
231                                <ibis:include href="data_note/Detainees.xml"/>
232                                <ibis:include href="data_note/TestPositivity.xml"/>
233                        </DATA_NOTES>
234                        <DATA_SOURCE_NAMES>
235                                <DATA_SOURCE_NAME>NMEDSS</DATA_SOURCE_NAME>
236                        </DATA_SOURCE_NAMES>
237                        <DATA_ISSUES>
238                        </DATA_ISSUES>
239                </CONFIGURATION>
240
241        </CONFIGURATIONS>
242
243        <CRITERIA>
244                <OVERVIEWS>
245                        <ibis:include href="overview/NMEDSS.xml"/>
246                        <ibis:include href="overview/GettingStarted.xml"/>
247                </OVERVIEWS>
248                <SECTIONS>
249                        <SECTION>
250                                <NAME>TestCharCOVID</NAME>
251                                <TITLE>TOPIC: Inmates in Detention and Corrections Facilities</TITLE>
252                                <SELECTIONS>
253                                        <TITLE>Select "General Community" to exclude inmates.</TITLE>
254                                        <DESCRIPTION>Filter by case outcome, reason tested</DESCRIPTION>
255                                        <SELECTION_TYPE><MULTIPLE/></SELECTION_TYPE>
256                                        <SELECTION>
257                                                <TITLE>Corrections and Detention Centers</TITLE>
258                                                <NAME>Detention_exclude</NAME>
259                                                <VALUE>all</VALUE>
260                                                <ibis:include href="../help/Detention.xml"/>
261                                                <SELECTIONS>
262                                                        <SELECTION><TITLE>All data records</TITLE></SELECTION>
263                                                        <DIMENSION_NAME>Detention</DIMENSION_NAME>
264                                                        <SELECTION_TYPE>
265                                                                <LIST>
266                                                                        <SIZE>3</SIZE>
267                                                                        <MULTIPLE/>
268                                                                </LIST>
269                                                        </SELECTION_TYPE>
270                                                </SELECTIONS>
271                                        </SELECTION>
272                                </SELECTIONS>
273                        </SECTION>
274                        <ibis:include href="section/Geo.xml"/>
275                </SECTIONS>
276        </CRITERIA>
277
278        <DIMENSIONS>
279
280                <ibis:include href="dimension/Detention.xml"/>
281
282                <ibis:include href="dimension/GeoProxy.xml"/>
283                <ibis:include href="dimension/GeoCnty.xml"/>
284                <ibis:include href="dimension/GeoState.xml"/>
285                <ibis:include href="dimension/GeoRegion.xml"/>
286                <ibis:include href="dimension/GeoUrbanRur.xml"/>
287                <ibis:include href="dimension/GeoZIP.xml"/>
288
289        </DIMENSIONS>
290
291
292</QUERY_MODULE>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.